CN114854839B 基于三坐标空间定位的组织三维空间组学方法 （上海交通大学医学院附属仁济医院）.docxVIP

(19)国家知识产权局

(12)发明专利

(10)授权公告号CN114854839B(45)授权公告日2025.07.04

(21)申请号202210367674.X

(56)对比文件

(22)申请日2022.04.08

CN107636169

A,2018.01.26

(65)同一申请的已公布的文献号

CN113322314

A,2021.08.31

申请公布号CN114854839A

审查员王炜晨

(43)申请公布日2022.08.05

(73)专利权人上海交通大学医学院附属仁济医

院

地址200001上海市黄浦区山东中路145号

(72)发明人杨朝勇陈新吴玲玲曹姣

(74)专利代理机构上海衡方知识产权代理有限公司31234

专利代理师朱穆峰

(51)Int.CI.

C12Q1/6874(2018.01)

G16B20/00(2019.01)

权利要求书7页

说明书16页附图8页

(54)发明名称

基于三坐标空间定位的组织三维空间组学方法

(57)摘要

CN114854839B本发明公开了基于三坐标空间定位的组织三维空间组学方法，该方法包括通过多轮DNA连接反应对组织细胞中的DNA、RNA、蛋白质、染色质以及糖类等分析物进行XYZ三维空间编码，再通过测序技术解析相应的空间位置和生物学信息，进而实现组织的三维空间组学分析。本发明基于三坐标空间定位的组织三维空间组学方法具有操作方便、技术门槛低、成本低廉等优点，能够获取完整组织异质细胞的三维空间分布及相应的

CN114854839B

CN114854839B权利要求书1/7页

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1.基于三坐标空间定位的组织三维空间组学方法，其特征在于：该方法通过多轮DNA连接反应间接或直接对组织中细胞的分析物进行三维空间编码，再通过测序得到对应组织中细胞的空间位置和生物学信息，实现组织的三维空间组学分析；

所述多轮DNA连接反应包括以下步骤：

(a)提供L块基片，对基片的表面进行物理或化学修饰；

(b)提供L种Z-DNA,其5端修饰特定基团，与基片表面修饰基团连接；将L种Z-DNA分别连接到L块基片上；

(c)将M种X-DNA与夹板寡核苷酸1退火杂交，沿X轴方向连接到Z-DNA的3端，形成M行X-DNA条形码；将N种Y-DNA与夹板核苷酸2退火杂交，沿Y轴方向连接到X-DNA的3端，形成N列Y-DNA条形码，由此产生L种M*N个的三维空间编码阵列；X-DNA和Y-DNA的5端均带有磷酸基团；

其中，借助微流控芯片将X-DNA和Y-DNA添加到对应的位置；以及

Z-DNA包含空间条形码Z和两段恒定序列，所述两段恒定序列包括第一恒定序列和第二恒定序列，不同基片上Z-DNA的空间条形码Z不同，且第一恒定序列为PCR扩增接头，第二恒定序列与夹板寡核苷酸1的部分序列互补；

X-DNA包含空间条形码X,每一行X-DNA的空间条形码X相同；

X-DNA还包含两段恒定序列，第三恒定序列和第四恒定序列，第三恒定序列与夹板寡核苷酸1的部分序列互补，第四恒定序列与夹板寡核苷酸2的部分序列互补；

Y-DNA包含空间条形码Y,每一列Y-DNA的空间条形码Y相同；

所述N种Y-DNA还包含独特的分子识别符、一段恒定序列以及捕获域，所述恒定序列与夹板寡核苷酸2的部分序列互补。

2.根据权利要求1所述的基于三坐标空间定位的组织三维空间组学方法，其特征在于，所述通过多轮DNA连接反应间接对组织细胞中的分析物进行三维空间编码具体包括以下步

骤：

(1)提供L块基片，对基片的表面进行物理或化学修饰，使其产生可以与寡核苷酸5端连接的基团；

(2)提供L种第一组定位寡核苷酸，命名为Z-DNA,其中Z-DNA的5端修饰特定基团，与基片表面修饰基团连接；

(3)将L种Z-DNA分别连接到L块基片上，制作L块带有Z-DNA编码的基片；

(4)提供与Z-DNA的3端杂交的夹板寡核苷酸1;

(5)提供M种第二组定位寡核苷酸，命名为X-DNA,其中X-DNA包含与夹板寡核苷酸1部分基本互补的序列，且5端修饰磷酸基团，可与Z-DNA的3端连接；

(6)将M种X-DNA与夹板寡核苷酸1退火杂交，沿X轴方向连接到Z-DNA的3端，形成M行X-DNA条形码；

(7)提供与X-DNA的3端杂交的夹板寡核苷酸2;

(8)提供N种第三组定位寡核苷酸，命名为Y-DNA,其中Y-DNA包含与夹板寡核苷酸2部分基本互补的序列，且5端修饰