人全基因组高通量测序数据质量评价方法标准立项修订与发展报告.docx

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《人全基因组高通量测序数据质量评价方法》标准立项与发展报告

EnglishTitle:DevelopmentReportontheStandardizationProject:QualityEvaluationMethodsforHumanWhole-GenomeHigh-ThroughputSequencingData

摘要

随着精准医学时代的到来，高通量测序技术因其高通量、低成本和高效率的优势，已成为基因组学研究与临床诊断的核心工具。相较于传统的Sanger测序等单基因检测方法，NGS能够一次性对全基因组、全外显子组或大量目标基因进行深度测序，极大地推动了疾病机制研究、分子分型、用药指导和遗传咨询等领域的发展。然而，NGS技术流程复杂，从样本制备、文库构建、上机测序到生物信息学分析，每个环节都可能引入偏差和错误，其数据质量控制体系与传统方法学存在显著差异，且在不同应用场景（如临床诊断、基础科研、群体遗传学）下有特殊要求。当前，行业内缺乏统一、权威的数据质量评价标准，导致不同机构、不同平台产生的数据质量参差不齐，难以进行有效的比较、整合与互认，严重制约了数据的共享利用与临床转化的可靠性。

本报告旨在阐述《人全基因组高通量测序数据质量评价方法》标准立项的背景、目的、核心内容及其深远意义。该标准旨在建立一套科学、系统、可操作的人类全基因组NGS数据质量评价体系，明确关键质量参数的定义、计算方法和评价阈值。通过实施本标准，将有效促进NGS数据生产的规范化、质量评价的标准化，提升数据的可靠性、可比性与可重复性，为保障精准医学实践的数据基石、推动生命健康产业高质量发展提供关键的技术支撑。报告结论部分展望了该标准在促进跨平台数据融合、支撑监管科学和引领国际标准化合作方面的潜在价值。

关键词：

高通量测序；全基因组测序；数据质量评价；标准化；精准医学；质量控制参数；生物信息学

Keywords:High-ThroughputSequencing(NGS);Whole-GenomeSequencing(WGS);DataQualityAssessment;Standardization;PrecisionMedicine;QualityControlMetrics;Bioinformatics

正文

一、立项背景与目的意义

基因组学技术的革新是驱动现代生命科学和医学发展的核心引擎。在传统基因检测领域，诸如Sanger测序、焦磷酸测序和实时荧光PCR等技术，虽成熟可靠，但其检测通量有限，通常仅能针对单个基因或特定外显子区域进行突变分析。当面临需要同时筛查数十、上百个基因，或进行全基因组范围探索时，传统方法暴露出明显的局限性：所需样本量大、检测周期长、工作流程繁琐且成本高昂。

高通量测序技术的出现彻底改变了这一局面。NGS能够对数百万至数十亿条DNA片段进行并行测序，实现了在单次实验中以相对低廉的成本，完成对全外显子组、全基因组或大规模基因panel的深度覆盖检测，而所需起始样本量并未显著增加。这种在通量、成本与效率上的革命性优势，使得NGS在肿瘤体细胞突变检测、遗传病诊断、病原微生物宏基因组分析、药物基因组学等医学应用场景中展现出前所未有的广阔前景。

然而，机遇与挑战并存。NGS检测是一个多步骤的复杂系统，涵盖湿实验（湿实验）的样本处理、文库制备、簇生成与测序反应，以及干实验（干实验）的海量数据生物信息学分析。每个环节都可能引入技术噪音和系统偏差，其数据质量控制逻辑与传统单基因检测方法有“巨大的不一致”。此外，不同的下游应用对数据质量有着“部分特殊的要求”，例如，低频体细胞突变检测对测序深度和错误率的控制要求极高，而结构变异检测则更关注长片段读长的质量和比对特异性。

目前，行业内各实验室、测序服务提供商和仪器平台采用的数据质量评价指标、计算方法和合格标准不尽相同，导致数据质量良莠不齐，缺乏统一的“度量衡”。这种现状阻碍了多中心研究数据的整合与比较，影响了临床检测结果的互认与解读，也不利于监管机构对相关产品和服务进行有效评价。因此，制定一项通用型的《人全基因组高通量测序数据质量评价方法》标准，旨在建立统一的技术规范与质量要求，推动NGS数据生产的均一化和评价的标准化，从而满足科学研究、临床实践和产业发展的迫切需求，夯实精准医学的数据质量基石。

二、范围与主要技术内容

1.范围

本标准明确规定了其适用范围，聚焦于人类全基因组高通量测序数据的质量评价。它涵盖了从原始测序数据到初步处理后的数据（通常指经过基础质控和比对后的BAM文件）这一关键阶段的质量评估。本标准适用于所有从事人类全基因组NGS数据生产、分析、解读和服务的机构，包括医疗机构、第三方检验所、科研院所、生物技术公司