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[]使用g_densmap得到分子附近二维密度分

布图

2008-12-2201:26

g_densmap可以把体系中某个组的出现密度投影到一个平面上，-aver设定一个轴，

默认是z，也可以是x和y，投影到的就是垂直于这个轴的面，如z就是xy。-xmin

和-xmax设定这个轴上的指定坐标范围内的粒子被投影到那个平面上。得到.xpm图。

g_densmap还可以做轴向-径向密度分布图。用-rmax定义径向最大距离，-amax定

义轴向最大范围。需要定义三个组，第一个组的质心和第二个组的质心用来确定轴

的方向，这两个组质心的中间点作为坐标零点，方向是第一个组质心向第二个组质

心。第三个组就是求密度的组。得到的xpm的横坐标是这个轴的不同位置，纵坐

标是径向距离，颜色是密度。也就是这个轴的不同高度位置的垂直于轴的平面的径

向分布函数。

但是有时需要求某些粒子在某个分子周围分布的二维密度图，比如这里要得到一个

磷酸化酪氨酸附近的钠离子出现密度，而且苯环与二维图的平面相平行。粒子的三

分布见我曾经发的《VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法》

和g空間一样，需要先对那个残基进行fit，但是g_densmap只能求x、y、z方向

的投影，并不能自定义投影方向将粒子密度投影到苯环平面上。所以在fit前，需

要把初始结构中磷酸化酪氨酸的苯环进行旋转，使其与某两个坐标轴组成的平面平

行。这一步可以用VMD，选mouse-move-residue，按住shift拖动鼠标左键或右键

旋转分子，这里让苯环与yz平面平行，然后savecoordinate保存到新的pdb。

tip:旋转分子的时候可能不好判断是否与坐标轴平行，因为VMD的坐标轴在左下角

不好对照。所以可以自行绘制出坐标轴以便参考。在控制台运行：

drawcolorred

drawcylinder{000}{8000}

drawcone{8000}{8500}radius4resolution20

drawcolorgreen

drawcylinder{000}{0800}

drawcone{0800}{0850}radius4resolution20

drawcolorblue

drawcylinder{000}{0080}

drawcone{0080}{0085}radius4resolution20

得到的坐标轴的0点就是空间的0点，也可以改在分子附近的位置。

然后用trjconv将轨迹向这个结构fit，选磷酸化酪氨酸组作为参考组。

轨迹处理好后，用VMD估一下合适的xmin、xmax范围，也就是苯环平面上下几

埃的区域，这里定为z=4.2至4.8nm范围。运行g_densmap-f八云蓝.xtc-s橙.pdb-

averx-xmin4.2-xmax4.8。组选择钠离子那组。然后再运行一遍这个指令，选磷酸

化酪氨酸那组。再把两个xpm图用xpm2ps转为.eps。

钠离子的密度分布图：

NA+numberdensity,x:4.2-4.8nm

磷酸化酪氨酸的密度分布图：

PTRnumberdensity,x:4.2-4.8nm

之所以要磷酸化酪氨酸的密度分布图，是为了定位用，因为还要把磷酸化酪氨酸分

子结构画到钠离子密度分布图的对应位置。用photoshop等软件打开，把这两个图

叠起来，如图：

NA+numberdensity,x:4.2-4.8nm

然后自行将磷酸化酪氨酸的结构图到上面即可，图中可以清楚地看到苯环，把

结构图大小调整合适将苯环重合就行了，很简单，就不多说了。

这个例子比较糙，没调坐标轴刻度，也忽略了磷酸化酪氨酸的分子内坐标的变化等

问题，总之大概意思就是这样了，细节请自行研究。

到：

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