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化学信息学试卷及答案

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、选择题（每小题2分，共20分。请将正确选项的字母填在括号内）

1.下列哪一项不是化学信息学的研究范畴？

A.分子结构的计算机表示

B.化学数据库的构建与管理

C.基于结构的药物设计

D.天然产物提取工艺优化

2.在化学信息学中，SMILES和InChI都是用于表示分子结构的符号系统，它们的主要区别在于：

A.SMILES是线性的，InChI是三维的

B.SMILES国际通用，InChI主要在欧美使用

C.SMILES缺乏唯一性，InChI旨在提供全球唯一、结构无歧义的分子标识符

D.SMILES主要用于绘制结构，InChI主要用于数据库索引

3.下列哪个数据库主要收录了从文献中提取的化合物结构及其生物活性数据？

A.PubChem

B.DrugBank

C.ChemBridge

D.ProteinDataBank(PDB)

4.描述分子之间相互作用时，以下哪个术语指的是两个原子间的距离？

A.碳原子数

B.键长

C.分子量

D.指数拓扑原子贡献（ITAC）

5.分子指纹是：

A.分子的三维坐标数据

B.分子结构的一种简化和量化表示

C.用于存储分子信息的数据库文件

D.分子性质预测的最终结果

6.以下哪种方法不属于基于结构的虚拟筛选？

A.分子对接（MolecularDocking）

B.定量构效关系（QSAR）模型预测

C.2D/3D形状相似性搜索

D.基于分子指纹的相似性搜索

7.在虚拟筛选过程中，用于衡量两个分子结构相似程度的常用相似性系数是：

A.分子量比

B.Tanimoto相似系数

C.分子极性指数

D.分子旋光性

8.QSAR模型的核心思想是：

A.通过实验高通量筛选化合物

B.建立分子结构特征与生物活性之间的数学关系

C.研究量子化学计算方法

D.构建三维分子对接模型

9.以下哪种文件格式常用于存储和处理结构化的化学信息？

A.CSV

B.JSON

C.SDF

D.XML

10.化学信息可视化技术的主要目的是：

A.生成用于机器学习的化合物数据集

B.提高化学数据库的存储容量

C.直观展示分子结构、分子间相互作用或数据分析结果

D.自动完成化学合成实验

二、填空题（每空1分，共15分。请将答案填在横线上）

1.分子表示方法包括________表示、________表示和拓扑表示等。

2.常用的化学信息学开源软件工具库有________和OpenBabel。

3.用于存储大量化合物结构信息和相关数据的系统称为________。

4.在计算分子指纹时，常用的方法包括________指纹和子结构指纹。

5.虚拟筛选通常包括________两个主要步骤：筛选和精炼。

6.QSAR模型常用的统计方法包括多元线性回归和________。

7.Tanimoto相似系数的取值范围是________。

8.描述分子形状的拓扑指数之一是________。

9.从化学结构信息计算得到的、用于表征分子性质或结构特征的数值集合称为________。

10.化学信息学在药物研发中的应用包括新药发现、ADMET预测和________。

三、简答题（每题5分，共20分。请简要回答下列问题）

1.简述SMILES和InChI两种分子结构表示方法的优缺点。

2.解释什么是分子指纹，并说明其在化学信息学中的主要用途。

3.描述虚拟筛选的基本流程。

4.简述定量构效关系（QSAR）研究的基本步骤。

四、计算题（共10分）

假设有如下两个分子结构片段（用简化SMILES表示）：

分子A:C1=CC=CC=C1(苯)

分子B:C1=CC=CC=C1C1=CC=CC=C1(萘)

请计算它们之间基于简单子结构指纹的相似度。假设相似度定义为：在分子A中找到的分子B中出现的不同子结构数量占分子B中总子结构数量的比例。列出你找到的子结构并说明计算过程。

五、应用题（共15分）

假设你需要为一项研究项目设计一个虚拟筛选方案，目标是从一个包含10万个化合物的数据库中筛选出可能具有良好抗菌活性的化合物。请简要