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一、前言演讲人2026-01-02

前言壹病例介绍（研究案例）贰护理评估（数据质量与生物学意义评估）叁护理诊断（关键问题识别）肆护理目标与措施（研究目标与技术路径）伍并发症的观察及护理（研究风险与应对）陆目录健康教育（研究成果的传播与应用）柒总结捌

环境基因组学：生物信息学课件

01ONE前言

前言站在实验室的落地窗前，看着学生们围在工作站前讨论刚跑完的测序数据，屏幕上闪烁的曼哈顿图像一片星轨，那是环境因子与人类基因组交互的“密码”。作为从事环境基因组学研究十余年的生物信息学教师，我常和学生说：“我们不是在分析冷冰冰的碱基对，而是在解读环境与生命对话的‘方言’。”

环境基因组学（EnvironmentalGenomics）是21世纪新兴的交叉学科，它聚焦环境暴露（如空气污染物、重金属、微生物等）与人类基因组、表观基因组的交互作用，试图回答“为何同一环境下，有人患癌有人健康？”“哪些基因变异会放大环境风险？”这类关键问题。而生物信息学则是打开这扇门的“钥匙”——从TB级测序数据中挖掘环境相关的单核苷酸多态性（SNP）、拷贝数变异（CNV），到构建暴露-基因-表型的因果模型，每一步都需要算法与生物学思维的深度融合。

前言记得2018年参与某工业城市肺癌队列研究时，我们团队用全外显子测序（WES）分析了1200例样本，最初只关注已知的致癌基因，却总被“解释度不足”卡住。后来引入环境暴露组学数据（PM2.5、苯并芘浓度），用机器学习整合多组学信息，竟发现了一个与DNA修复通路相关的新基因座——这让我更坚信：环境基因组学的魅力，在于它打破了“基因决定论”的局限，将生命视为环境与遗传的“共同作品”。

今天，我将以团队近年主导的“某化工区居民环境暴露与基因组变异关联研究”为例，结合生物信息学分析流程，带大家走进环境基因组学的实践现场。

02ONE病例介绍（研究案例）

病例介绍（研究案例）2021年，我们受当地疾控中心委托，启动了“X化工区环境健康风险评估项目”。该区域以石化、制药企业为主，近十年居民肺癌发病率较周边高37%，但传统流行病学调查未发现明确“单一致癌物”。我们的任务是：通过环境基因组学分析，识别“环境暴露-基因变异-疾病”的关键通路。

研究队列纳入2000名常住居民（18-70岁），分为高暴露组（距厂区≤2km，n=1000）与低暴露组（距厂区≥5km，n=1000）。采集指标包括：

环境数据：连续3年的大气PM2.5、苯并芘（BaP）、邻苯二甲酸酯（PAEs）浓度（来自10个固定监测点+200台便携监测仪）；

生物样本：外周血（用于全基因组测序，WGS）、尿液（用于多环芳烃代谢物1-羟基芘检测）；

病例介绍（研究案例）表型数据：问卷收集的吸烟史、饮食结构、职业暴露时长，以及体检报告中的肺功能、炎症因子（IL-6、TNF-α）水平。

最让我印象深刻的是62岁的王师傅——他在化工区工作30年，不吸烟不饮酒，但2020年确诊早期肺腺癌。他的测序数据显示：chr17q21区域存在一个罕见的BRCA1剪接位点变异（rs121913528，MAF0.1%），同时尿液1-羟基芘浓度是低暴露组的8倍。这提示：环境暴露可能通过“击中”罕见变异基因，放大致癌风险。

03ONE护理评估（数据质量与生物学意义评估）

护理评估（数据质量与生物学意义评估）在生物信息学分析中，“护理评估”类似“数据健康检查”——我们需要确保每一步的数据都是“可靠的”“有生物学意义的”。

环境暴露数据评估首先处理环境监测数据：3年的PM2.5日均浓度范围是28-112μg/m3（国标限值35μg/m3），BaP年均值0.8ng/m3（WHO推荐0.1ng/m3），PAEs浓度与厂区距离呈显著负相关（r=-0.72，P0.001）。但发现一个问题：便携监测仪数据存在“周末低谷”——可能因工人休假、企业减产导致暴露波动，需在后续分析中加入“时间分层”变量。

基因组数据质量控制WGS数据经FastQC检测，98%样本的Q30（测序质量）85%，但27例样本存在高比例的接头污染（5%），经Trimmomatic修剪后重新比对。用BWA将reads比对到GRCh38参考基因组，平均覆盖深度32X，95%区域覆盖≥10X——这意味着大部分变异（尤其是低频变异）能被可靠检测。

多组学数据整合评估最难的是整合环境、基因组与表型数据。例如，王师傅的BRCA1变异在公共数据库（gnomAD）中无疾病关联记录，但功能预测工具（SIFT、PolyPhen-2）提示“可能有害”；同时他的IL-6水平（12.3pg/mL）是低暴露组均值（4.1pg/mL）的3倍——这提示“环境暴露→炎症激活→DNA损伤修复缺陷→癌变”的潜在路径。我们需要用孟德尔随机化（MR）方法，验证环境暴露是