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表观遗传学测序__总结

BioinformaticsAnalysisofNext-GenerationSequencingData–EpigenomeandChromatinInteractome

要点：

Enhancersaremarkedbymultiplemodifications

Characteristichistonemethylationpatternsatactivegenes

涉及的相关技术：

NGS

Epigenetics

CHIP-Seq

3C

NGS(Next-GenerationSequencing)的原理：

最近市上出现了很多新代测序仪产品，例如美国ＲｏｃｈｅＡｐｐｌｉｅｄＳｃｉｅｎｃｅ公司的４５４基因组测序

仪、美国Ｉｌｌｕｍｉｎａ公司和英国Ｓｏｌｅｘａｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ公司合作开发的Ｉｌｌｕｍｉｎａ测序仪、美国

ＡｐｐｌｉｅｄＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓ公司的ＳＯＬｉＤ测序仪、Ｄｏｖｅｒ／Ｈａｒｖａｒｄ公司的Ｐｏｌｏｎａｔｏｒ

测序仪以及美国Ｈｅｌｉｃｏｓ公司的ＨｅｌｉＳｃｏｐｅ单分测序仪。所有这些新型测序仪都使了种新的测序策略

——循环芯测序法（ｃｙｃｌｉｃ－ａｒｒａｙｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ），也可将其称为新代测序技术或者第代测“

序技术”。所谓循环芯测序法，简之就是对布满ＤＮＡ样品的芯重复进基于ＤＮＡ的聚合酶反应（模板变性、引物退

杂交及延伸）以及荧光序列读取反应。２００５年，有两篇论曾对这种法做出过详细介绍。与传统测序法相，循环芯

测序法具有操作更简易、费更低廉的优势，于是很快就获得了泛的应。

传统的Ｓａｎｇｅｒ测序法及新代ＤＮＡ测序技术作流程图

（ａ）通量鸟枪Ｓａｎｇｅｒ测序法。先基因组ＤＮＡ被随机切割成段分，接着众多段ＤＮＡ被克隆质粒载

体，随后转化到肠杆菌中。最后培养肠杆菌提取质粒，进测序。每个测序反应都在只有微升的反应体系中完成。测

序后获得系列长短不的末端标记有荧光的段，最后通过对每个延伸反应产物末端荧光颜进识别来读取ＤＮＡ序

列。（ｂ）鸟枪循环芯测序法。先将基因组ＤＮＡ随机分割成段ＤＮＡ分，然后在这些段ＤＮＡ分的末端连

接上普通的接头，最后这些段ＤＮＡ分制成ｐｏｌｏｎｙ芯。每个ｐｏｌｏｎｙ中都含有个段ＤＮＡ分

的许多个拷贝。许多这样的ｐｏｌｏｎｙ集合在起就形成了ｐｏｌｏｎｙ芯。这样次测序反应就可以同时对众多的ｐｏ

ｌｏｎｙ进测序。然后与ｓａｎｇｅｒ法中样，通过对每个延伸反应产物末端荧光颜进识别来读取出ＤＮＡ序列。

重复上述步骤就能获得完整的序列。

虽然这些新代测序仪以及芯的实际制作过程似乎都和传统的测序法有很的不同，且各有特点，但实际上它们背后

的原理和技术都是常相似甚是相同的。新代测序法先也是将基因组ＤＮＡ随机切割成段ＤＮＡ分，然后在体外

给这些段分的末端连接上接头制成库，也可以使配对标签（ｍａｔｅ－ｐａｉｒｅｄｔａｇ）制成跨步库（ｊ

ｕｍｐｉｎｇｌｉｂｒａｒｉｅｓ）。随后可以通过原位ｐｏｌｏｎｙ（ｉｎｓｉｔｕｐｏｌｏｎｙ，词典１）、微乳

液ＰＣＲ（ｅｍｕｌｓｉｏｎＰＣＲ）或桥式ＰＣＲ（ｂｒｉｄｇｅＰＣＲ）等法获得测序模板。

上述法有个共同点，那就是任何个段ＤＮＡ分的ＰＣＲ扩增产物都是在空间上聚集的：原位ｐｏｌｏｎｙ法和桥

式ＰＣＲ法中所有的产物都集中在平板的某处，在微乳液ＰＣＲ法（ｅｍｕｌｓｉｏｎＰＣＲ）中所有的产物都集中在微珠

的表。真正的测序反应本和传统测序法样，是由重复的聚合酶促反应和最后的荧光读取分析反应组成。本讨论的所有

测序仪都是使合成测序法（ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｂｙｓｙｎｔｈｅｓｉｓ），即通过聚合酶或连接酶不断地延伸引物

获得模板序列，最后对每轮反应的结果进荧光图像采集、分析，获得序列结果。

表观遗传学简介：

●研究不涉及DNA序列改变的基因表达和调控的可遗传变化的，或

者说是研究从基因演绎为表型的过程和机制的门新兴的遗传学

分

●所谓表观遗传就是不基于DNA差异的核酸遗传。即细胞分裂过程

中，DNA序列不变的前提下，全基因组的基因表达调控所决定的

表型遗传，涉及染质重编程、整体的基因表达调控（如隔离，

增强，弱化，DNA甲基化，组蛋修饰等功能),及基因型对

表型的决定作

表观遗传学的特点：

●可遗传的，即这类改变