无籽刺梨及其近缘种叶绿体基因组序列比较分析.pdfVIP

福建农林大学学报(自然科学版)ｈｔｔｐ://ｊｆａｆｕ.ｆａｆｕ.ｅｄｕ.ｃｎ第５３卷第１期

ＪｏｕｒｎａｌｏｆＦｕｊｉａｎＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅａｎｄＦｏｒｅｓｔｒｙＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ(ＮａｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅＥｄｉｔｉｏｎ)２０２４年１月

引用格式:纵丹ꎬ黄嘉城ꎬ段晓盟ꎬ等.无籽刺梨及其近缘种叶绿体基因组序列比较分析[Ｊ].福建农林大学学报(自然科学版)ꎬ２０２４ꎬ５３(１):

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３９４７.

ＺＯＮＧＤꎬＨＵＡＮＧＪＣꎬＤＵＡＮＸＭꎬｅｔａｌ.ＣｏｍｐａｒａｔｉｖｅａｎａｌｙｓｅｓｏｎｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔｇｅｎｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｅｏｆＲｏｓａｓｔｅｒｉｌｉｓａｎｄｉｔｓｒｅｌａｔｅｄｓｐｅｃｉｅｓ[Ｊ].Ｊｏｕｒｎａｌ

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ｏｆＦｕｊｉａｎＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅａｎｄＦｏｒｅｓｔｒｙＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ(ＮａｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅＥｄｉｔｉｏｎ)ꎬ２０２４ꎬ５３(１):３９４７.

无籽刺梨及其近缘种叶绿体基因组序列比较分析

１ꎬ２１ꎬ２１ꎬ２１ꎬ２１ꎬ２１ꎬ２１ꎬ２

纵丹ꎬ黄嘉城ꎬ段晓盟ꎬ张晓琳ꎬ冯家玉ꎬ甘沛华ꎬ何承忠

(１.西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室ꎻ２.西南林业大学

西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室ꎬ云南昆明６５０２２４)

摘要:【目的】探讨无籽刺梨及其近缘种之间的系统发育关系ꎬ为蔷薇属植物后期分子鉴定和群体遗传研究奠定基础ꎮ

【方法】从ＮＣＢＩ数据库下载了６种植物的叶绿体基因组序列ꎬ包括无籽刺梨和其近缘种ꎮ利用生物信息学方法对这些基因

组序列进行了研究ꎬ包括基因组结构、重复序列、高变区序列以及基于叶绿体全基因组序列的系统发育关系ꎮ【结果】６种

植物的叶绿体基因组呈环状四分体结构ꎬ其长度为１５６５６１~１５６７４９ｂｐꎬ平均ＧＣ含量均为３７.２％ꎬ且６种植物基因组的反

向重复(ｉｎｖｅｒｔｅｄｒｅｐｅａｔꎬＩＲ)区未表现出明显的扩张和收缩ꎮ在对蔷薇属植物叶绿体基因组序列进行比较分析时ꎬ筛选出了

７个高变区序列ꎬ包括ｔｒｎＫ￣ｔｒｎＱ、ｐｓｂＭ￣ｔｒｎＹ、ｙｃｆ３￣ｒｐｓ４、ｒｐｓ４￣ｔｒｎＬ、ｐｓｂＥ￣ｐｅｔＧ、ｒｐｌ１６ｉｎｔｒｏｎ和ｙｃｆ１ꎮ这些序列可作为候选标记ꎬ用

于进一步研究蔷薇属植物的系统发育ꎮ同时ꎬ利用叶绿体全基因组序列重建了蔷薇属植物的系统发育树ꎮ结果表明ꎬ无籽

刺梨和刺梨是独立的２个种类ꎬ其中无籽刺梨与贵州缫丝花有较近的亲缘关系ꎬ而刺梨与单瓣缫丝花有较近的亲缘关系ꎮ

【结论】无籽刺梨及其近缘种之间叶绿体基因组结构高度相似ꎬ单拷贝区核苷酸多样性高于重复区ꎮ

关键词:无籽刺梨ꎻ叶绿体基因组ꎻ高变区ꎻ系统发育

中图分类号:Ｑ９４１.２

文献标识码:Ａ

开放科学(资源服务)

文章编号:１６７１￣５４７０(２０２４)０１￣００３９￣０９标识码(ＯＳＩＤ)

ＤＯＩ:１０.１３３２３/ｊ.ｃｎｋｉ.ｊ.ｆａｆｕ(ｎａｔ.ｓｃｉ.).２０２３０１０１４

ＣｏｍｐａｒａｔｉｖｅａｎａｌｙｓｅｓｏｎｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔｇｅｎｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｅｏｆＲｏｓａｓｔｅｒｉｌｉｓ

ａｎｄｉｔｓｒｅｌａｔｅｄｓｐｅｃｉｅｓ

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