第四章分子进化分析.pptVIP

生物信息学;第四章

分子进化分析;第一节引言;分子进化开始于20世纪60年代，近20年来由于分子遗传学资料的迅速积累，成为计算生物学和生物信息学等新兴学科的重要组成部分。

尤其人类基因组测序后，推动了分子进化的进一步发展，序列保守性，基因表达和网络的进化等研究内容不断的出现在最新的研究中，充实了生物信息学的研究范围。;第二节

系统发生分析与重建;DNA序列的进化演变比蛋白质序列的演变更复杂，因为有多种多样的DNA区域，如蛋白质编码区、非编码区、外显子、内含子、侧翼区、重复DNA序列和插入序列等。因此，弄清所研究的DNA类型和功能是十分重要的。即便我们单独考虑蛋白质编码区，密码子第一、二和三位的核苷酸替代式样也不尽相同。何况，某些区比其他区更易受到自然选择的影响，使得DNA的不同区域呈现不同的进化模式。;1.两个序列间的核苷酸差异

对于一种同源的核酸分子来说，它在亲缘关系越近的生物之间差异就越小，相反差异就越大，即两同源分子分歧的时间与它们之间的序列差异成正比。

同一条祖先序列传衍的两条后裔序列，它们的核苷酸差异随时间而增加。一个简便的描述序列分歧大小的测度是两条后裔序列中不同核苷酸位点的比例。

以下，我们称此估计为p距离。

;尽管总核苷酸替代能用公式计算，但我们常常也需要知道两个序列间（即序列和）不同核苷酸对的频率。在每一序列中，有4种不同核苷酸（A,T,C,G）