差异基因筛选参数与阈值设定.pdfVIP

差异筛选参数

⚫倍数差异FoldChange：在数据处理中一般简写为FC，就是将待比较的两个标

准化以后的信号相除所得的值，即FoldChange=SignalA/SignalB。

⚫显著性差异p值：进行统计学t检验，计算显著性p值，p值越接近0表示比较

的两组差异越显著，通常统计学中设定p0.05为显著性差异，p0.01为强显

著性差异。

⚫每个探针点的Flag值/Call值，表达谱中用A,P,M来表示三种不同的情况：

A—Absent，表示该探针点信号与背景信号无显著性差异

P—Present，表示该探针点信号与背景信号具有显著性差异

M—Marginal，表示该探针点的信号与背景的差异介于A和P之间

差异筛选阈值设定

差异筛选分为两种类型，分别设定筛选的阈值。

1.生物学重复小于三个不足以进行统计分析

2.生物学重复不少于三个，满足统计学分析要求

类型1，无足够生物学重复

筛选阈值1：倍数差异，计算FoldChange（FC），如果样品有重复，则计算