基因序列比对BLAST高效检索攻略.pptVIP

回忆——数据库搜索;回忆——双序列比对;课堂练习;矩阵集合-----PAM-N

如，PAM60矩阵用于比较相距60个PAM单位的序列。计算方法是PAM1自乘60次。;BLOSUM62;;序列相似性搜索;主要内容;一、BLAST介绍与意义;网站上的简单说明;BLAST的应用;;数据库搜索相似序列的算法;BLAST;二、BLAST算法;这个算法能够描述为3个环节;BLOSUM62;GTW6,5,11 22

GSW6,1,1118

ATW0,5,11 16

NTW0,5,11 16

GTY6,5,2 13

GNM 10

DAW 10;;“字”对命中后，向两端延伸，始终到得分（按照某个打分矩阵）下降到某个阈值，由此就得到一定长度的保持最好得分的序列串，称高记分片段对（high-scoringpair,HSP）。;搜索量;;BLAST算法小结;随机事件与统计显著意义的事件;;E值与p值的关系;E值的问题;三、BLAST普通使用方法;进入BLAST界面;help;选择BLAST程序;文件;;输入序列;输入说明;输入格式说明;;2）BareSequence;2）BareSequence;3）Identifiers;限定检索范围;;选择数据库（核酸比对）;选择数据库（蛋白比对）;更多的限制;选择程序;表3.1;说明;;megablast;discontiguo