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基于图神经网络的蛋白质相互作用预测结题报告

一、研究背景与问题提出

蛋白质是生命活动的主要执行者，几乎所有的细胞过程都依赖于蛋白质之间的相互作用（Protein-ProteinInteractions,PPIs）。从细胞信号传导到代谢通路调控，从免疫反应的激活到疾病的发生发展，蛋白质相互作用构成了复杂的生物网络，是理解生命机制的核心所在。传统的实验方法如酵母双杂交、免疫共沉淀等虽然能够精准鉴定蛋白质相互作用，但存在通量低、成本高、假阳性率高且难以捕捉动态相互作用等局限性。随着高通量测序技术的发展，生物数据呈爆炸式增长，如何从海量的组学数据中高效、准确地预测蛋白质相互作用，成为计算生物学领域的关键科学问题。

近年来，机器学习技术在生物信息学中的应用取得了突破性进展，尤其是图神经网络（GraphNeuralNetworks,GNNs）的出现，为处理具有图结构的生物数据提供了强大工具。蛋白质及其相互作用天然构成图结构，其中蛋白质是图中的节点，相互作用是连接节点的边。图神经网络能够通过对节点和边的特征进行学习，捕捉图结构中的复杂依赖关系，从而实现对蛋白质相互作用的精准预测。本研究旨在构建基于图神经网络的蛋白质相互作用预测模型，充分整合多源生物数据，突破传统计算方法的瓶颈，为揭示生命活动的分子机制提供新的视角和方法。

二、数据集构建与预处理

2.1数据集来源

本研究整合了多源生物