单分子测序技术在表观遗传学研究中的误差校正模型.docxVIP

单分子测序技术在表观遗传学研究中的误差校正模型

一、单分子测序应用于表观遗传学研究的价值基础与误差挑战

表观遗传学是研究不依赖DNA一级序列改变的可遗传基因表达调控规律的学科，核心研究对象包括DNA共价修饰、组蛋白翻译后修饰、染色质开放状态与高级构象等，是解析个体发育、细胞分化、衰老进程以及重大疾病发生机制的关键研究领域。早期表观基因组研究主要依托短读长测序技术开展，需要配合亚硫酸氢盐转化、抗体富集、核酸酶消化等复杂前处理流程，不仅容易在前处理过程中引入人为偏差，还受限于短读长的测序长度，无法覆盖基因组中的高度重复区域，也难以识别单分子水平上相距较远的修饰之间的共发生模式，严重制约了对表观调控规律的全面解析。随着测序技术的发展，单分子测序技术凭借无需核酸扩增、读长可达数十万碱基、可直接从测序反应信号中识别核酸修饰状态的优势，为表观遗传学研究提供了全新的技术路径，不仅覆盖了过去短读长技术无法检测的端粒、着丝粒等复杂基因组区域，还能在单分子分辨率下解析修饰的相位信息，为绘制完整的表观基因组图谱、揭示细胞间的表观异质性提供了可能（Flusberg等，2010）。但需要注意的是，单分子测序是在单个核酸分子层面直接采集反应信号，未经过扩增过程的信号放大，因此原始信号的信噪比明显低于扩增后的测序信号，尤其在表观遗传修饰检测场景中，技术噪声、序列固有偏差、生物学异质性等多来源误差相互叠加，很容易