Gblocks使用说明书-by florawz1.pdfVIP

Gblocks 使用说明书（by florawz ） 1.首先打开软件，进入主页面 2.输入 O ，然后回车 ，对话框显示输入一个文件或路径 此时将比对好的（.fas）文件拖入对话框。对话框即出现该文件的路径（如图） 按回车，即导入该序列。对话框上部出现下列信息 3.快速比对：输入 G，然后回车。在原比对文件所在文件夹内即可出现 Gblocks 已经处理好的文件 .fas-gb 文件可用 Bioedit 和 DNAMAN 打开。 打开.htm 文件，可查看可视化的处理结果（如图） 4.主菜单： t. 指定的序列类型（可以是蛋白质,DNA或者密码子）。 输入一个t，回车。序列类型改为Condons 再输入一个t，回车。序列类型改为DNA（如此循环修改） o. 打开一个文件。必须为 NBRF/PIR 或 FASTA 格式 ，序列长度不限。打开 NBRF/PIR-格式的序列时，在序列备注第一行要注明序列类型 如： P1;byflorawz MEYLLQEYLPILVFLGMASALAIVLILAAAVIAVRN--PDPEKVSAYECGFNAF D-DARMKFDVRFYLVSILFIIFDLEVAFLFPWAVSFASLS-DVAFWGLMVFLAVLTVGFA YEWKKGALEWA* (fas格式则不需要，第一行直接为byflorawz即可) 注意：在使用Glocks分析前，序列缺口必须先消除。 在将比对文件拖进改软件时，要去路径掉末尾的空格。 打开多个文件 ：必须建立一个path文件。输入各个相关文件的路径，在安装好 的文件包内可以看到一个paths范例，用word打开此文件，即可看到各个文件 的所在路径（如图） 多条比对序列的处理：如果所有的比对文件的路径都在一个paths文件，且各个 比对文件的序列条数，以及物种的顺序都是相同的，那么这些比对文件在最后的 结果中可以连接起来。如果各个比对文件的序列条数不同，那么也可以一起处理， 但是最后不能连接。 b. 显示 Block 限制性参数 (详情见下页). s. 显示保存菜单(详情见下页). g. 处理计算 q. 退出 5.限定性参数菜单 1. 设置保守区域内的保守序列的至少数量, 必须大于序列个数一半，数值越大， 所挑选的保守位点越少 7个序列设置参数为5 7个序列设置参数为4 7个序列设置参数为6 2. 设置保守区域两侧位置的保守序列的最少数量，必须大于或等于1所设置的 值，这个值越大，所选择的保守位点越少 7个序列设置参数为6 7个序列设置参数为5 3.保守区内一段非保守区的最大范围，数值越大，选择的保守位点越多。 设置为4时（5-6-4-10） 设置为5时（5-5-5-10） （5-5-6-10） 4. 设置清除空隙后的模块的最小长度。在去除间隙后，保守模块的长度不能小 于这个值，值越大，挑选的保守模块越少 （5-6-4-3） （5-6-4-10） 5. 3种处理缺口的方式 None : 最后的比对中不能有缺口. 一条序列中出现缺口即被淘汰，相邻的非保守 区也会被消除 With Half : 50%或者以上的序列个数有缺口的，会被淘汰。 All : 所有的缺口都会被保留下来 r. 恢复默认设置 g. 进行数据处理 z. 显示其他选项菜单 m. 回到主菜单 选择Z，显示其他选项菜单