基因组培训课件.ppt

第五章 基因组 基因组：生物细胞中一整套染色体所含DNA序列的全部组成 人类基因组：22条常染色体和X，Y染色体的DNA组成 基因组大小 种类 Mb 大肠杆菌 4.64 啤酒酵母 12.1 线 虫 100 果 蝇 140 蝗 虫 5000 小 鼠 3300 豌 豆 4800 玉 米 5000 小 麦 17000 人 3000 一、基因组的DNA序列组成 1. C值悖论和序列复杂性 ⑴ C值悖论C-value paradox C值：生物体单倍体DNA总量 C值悖论：生物基因组的大小同生物在进化上所处地位的高低无关 ⑵ 序列复杂性sequence complexity 不同序列的总长度，用bp表示；外显子 分类最小基因组 支原体 0.58 X 106 细菌 2.8 X 106 酵母 3.0 X 107 霉菌 5.5 X 107 蠕虫 1.1 X 108 昆虫 0.5 X 109 鸟类 0.2 X 1010 两栖类 0.1 X 1010 哺乳类 2.8 X 1010 进化地位高、结构复杂的同类生物中进行生物最小基因组的比较，符合进化程度越高，生物基因组越大的规律 2. 基因组DNA序列的分类 (1) 基因序列和非基因序列 基因序列：以起始密码子开始，终止密码子结束的一段DNA序列，决定蛋白质或RNA，称为开放阅读框(open reading frame, ORF) 非基因序列：基因序列以外的DNA序列 (2) 编码序列和非编码序列 编码序列：编码RNA和蛋白质的DNA序列 非编码序列：内含子和基因的间隔序列 (3) 单一序列和重复序列 单一序列： 基因组中只有一份的DNA序列 重复序列：基因组中重复出现的序列；例如，STR，SNP，微卫星DNA等 第一，轻度重复序列：一般指一个基因组内有2~10份拷贝，但有时2~3份拷贝的DNA序列也被视作非重复序列 组蛋白基因和酵母tRNA基因 第二，中度重复序列：一般指10份到几百份拷贝的DNA序列，通常是非编码序列；这类重复序列平均长度约300bp，往往构成序列家族，同单一序列相隔排列，分散在基因组中；可能在基因活性的调控中起作用 第三，高度重复序列：一个基因组中有几百份甚至几百万份拷贝的高度重复序列 重复几百份拷贝的基因，如rRNA基因和某些tRNA基因 串联重复序列(tandem repeat)：很短的非编码序列呈头尾衔接的串联形式重复排列 3. DNA复性动力学 复性的速率：dC/dt=-kC2 C是在t(反应时间)时单链DNA的浓度 k是二级反应常数 重排： -dC/C2 =kdt 积分：1/C-1/C0= kt C/C0= 1/(1+ k C0t) C0是t=0时的DNA初始浓度 C0t曲线： C/C0对C0t作图 当复性反应完成一半(t?)时 C/C0= ?=1/(1+ k C0t ?) C0t ? =1/k 温度、离子强度、DNA片断大小一致时，DNA序列的复杂性(x)：x= kC0t ? 4. 重复序列家族sequence family 定义：是指一类核苷酸序列高度相似的重复序列，包括基因和基因以外的序列 真核生物基因组中来源相同、结构相似、 功能相关的一组基因可归为一个基因家族(gene family) ⑴ 简单重复序列 SSR