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网络生物医学资源概论 生物分子数据库 基因组数据库 蛋白质序列、生物大分子结构数据库 蛋白质二级结构、互作数据库 基因产物注释数据库 网络生物医学资源概论 网络生物医学资源所包含的主要内容 网上生物医学文献数据库 网上生物医学数据库(分子生物学数据库) 文摘型生物医学数据库 1.Pubmed数据库 2.TOXNET数据库 3.EMBase荷兰医学文摘 ？ 如是对引起胃癌基因感兴趣的读者，想从事这方面的研究，请问如何查找这方面的信息。能够对这方面的研究动态有一定的了解 生物分子数据库 生物分子数据库应满足5个方面的主要需求 （1）时间性 （2）注释 （3）支撑数据 （4）数据质量 （5）集成性 生物分子数据库 一级数据库 数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释 二级数据库 对原始生物分子数据进行整理、分类的结果，是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的 。 国际上权威的核酸序列数据库 （1）欧洲分子生物学实验室的EMBL http://www.embl-heidelberg.de （2）美国生物技术信息中心的GenBank /Web/Genbank/index.html （3）日本遗传研究所的DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/ 核酸数据库提供一些与序列相关的检索操作（基于3W服务器） 生物基因组数据库 基因组数据库（GDB） 鼠基因组数据库 MGD （/） 酵母基因组数据库 SGD （/Saccharomyces/） 蛋白质序列数据库 1、PIR（Protein Information Resource） 2、SWISS-PROT 3、TrEMBL 4、蛋白质数据仓库UniProt UniProt包含3个部分： （1）UniProt Knowledgebase（UniProt） 蛋白质序列、功能、分类、交叉引用等信息存取中心 （2）UniProt Non-redundant Reference（UniRef）数据库 将密切相关的蛋白质序列组合到一条记录中 以便提高搜索速度； （3）UniProt Archive（UniParc） 资源库，记录所有蛋白质序列的历史。 生物大分子结构数据库 1、PDB（Protein Data Bank） PDB中含有通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振NMR）测定的生物大分子的三维结构 蛋白质 核酸 糖类 其它复合物 其它生物分子数据库 基因组数据库 随着核酸测序技术的迅速发展，人类已经得到一部分生物的全基因组数据，如人、小鼠、大鼠等。这些数据对于我们认识基因组信息组织的奥秘、了解生物体的生长发育的规律是非常重要的。 国际上有专门的组织收集和管理这些数据。NCBI基因组数据库Entrez Gonomes （/entrez/query.fcgi?db=Genome）所收集的基因组数据量非常大， GDB 人类基因组学数据库 资源名称：The Genome Database 交替名称：基因组数据库 创建机构：美国马里兰州巴尔的摩市约翰·霍普金斯大学 　基因组数据库(GDB)为人类基因组计划(HGP)保存和处理基因组图谱数据。 GDB的目标是构建关于人类基因组的百科全书，除了构建基因组图谱之外，还开发了描述序列水平的基因组内容的方法，包括序列变异和其它对功能和表型的描述。 。 目前GDB中有： 人类基因组区域(包括基因、克隆、amplimers PCR 标记、断点breakpoints、细胞遗传标记cytogenetic markers、易碎位点fragile sites、EST序列、综合区域syndromic regions、contigs和重复序列)； 人类基因组图谱(包括细胞遗传图谱、连接图谱、放射性杂交图谱、content contig图谱和综合图谱等)； 人类基因组内的变异(包括突变和多态性，加上等位基因频率数据)。 GDB数据库以对象模型来保存数据，提供基于Web的数据对象检索服务，用户可以搜索各种类型的对象，并以图形方式观看基因组图谱 此外，GDB数据库还包括了与核酸序列数据库 GenBank和EMBL、遗传疾病数据库OMIM、医药文摘数据库MedLine等其他网络信息资源的超文本链接。 GDB数据库是用大型商业软件Sybase数据库管理系统开发的，并用Java语言编写基因图谱显示程序，为用户提供了很好的界面，缺点是传输速度受到一定限制。 GDB数据库是国际合作的成果，其宗旨是为从事基因组研究的生物学家和医护人员提供人类基因组信息资源。其数据来自于世界各国基因组研究的成果