软件介绍.pptVIP

Oligo 6的使用方法 Oligo 6的使用方法 Oligo 6的使用方法 Oligo 6的使用方法 Real-Time PCR引物设计原则 做Real Time时, 引物与一般PCR的引物,在引物设计上所要求的参数是不同的。引物设计的要求： 1）避免重复碱基，尤其是G 2) Tm=58-60度。3）GC=30-80%. 4）3端最后5个碱基内不能有多于2个的G或C. 5)PCR扩增产物长度： 引物的产物大小不要太大，一般在80-250bp之间都可；80～150 bp最为合适（可以延长至300 bp）。6)引物的退火温度要高，一般要在60度以上；要特别注意避免引物二聚体和非特异性扩增的存在。而且引物设计时应该考虑到引物要有不受基因组DNA污染影响的能力，即引物应该跨外显子，最好是引物能跨外显子的接头区，这样可以更有效的不受基因组DNA污染的影响。 常用生物学软件及网站的使用 分子生物学综合软件： Vector NTI 10.3，分子生物学的综合软件，什么功能几乎都全了。 BioEdit 7，杂七杂八的功能凑在一起的一个分子生物学软件，有些罕见的Vector NTI所没有的功能。 DNAMAN 6，与Vector NTI类似的一个软件，但是图型化上做的很差，集成度和序列的管理功能比Vector NTI差的不是一点点。 常用生物学软件及网站的使用 代谢网络和信号传导分析软件： CellNetAnalyzer 6.0，以前叫FluxAnalyzer，基于MatLab的代谢网络和信号传导网络分析模块，大部分论文中的代谢网络分析都是用这个分析的。 PathwayStudio 5.0，蛋白质相互作用、细胞信号转导和代谢分析的软件。 (这部分我用到的很少) 序列比对 DNAMAN（引物设计、二级结构、引物设计、酶切位点分析、画质粒图等） Clustal 1.83 Contig express（序列拼接） MEGA 4.0（进化树构建，但和Clustal 1.83配合） 参考文献添加软件 End note Note Express 图片处理软件 PS PaintDotNet ※还有许多在线生物学软件都很好用 谢谢！ 2011年8月4日 实验常用统计方法及生物学软件介绍 卡方独立性检验（X2） 单倍型估计 无系谱——SAS有系谱——Pedphase 关联分析 卡方独立性检验（X2）——等位基因和基因型频率 东北农业大学肉鸡高、低脂双向选择品系由高脂系和低脂系组成，这两个品系以AA肉鸡群体为共同祖先，针对腹脂性状向两个相反的方向进行选择。理论上随着选择世代增加，腹脂性状分离，影响腹脂性状的等位基因频率在两系间也会逐渐分离。两系间等位基因频率的差异很有可能是由于我们对腹脂性状选择而造成的。 基因型在两系间分布的检验： 系别（a） 基因型（b） AA AB BB 1 20 30 15 2 32 14 18 程序： data ok; do a= 1 to 2; do b= 1 to 3; input x@@; output; end;end; cards; 20 30 15 32 14 18 ; proc freq; tables a*b/exact; weight x; run; 等位基因在两系间分布 系别（a） 等位基因（b） A B 1 70 60 2 78 50 data ok; do a= 1 to 2; do b= 1 to 2; input x@@; output; end;end; cards; 70 60 78 50 ; proc freq; tables a*b/exact; weight x; run; 单倍型估计——SAS 单倍型构建Haploview 第1步,制备基因型的文档,我用的是EXCEL,如图,从左至右依次为:pedigree/sample name,individual ID,Fathers ID,Mothers ID,sex(M=1,F=2),Affection status (0=UNKNOWN, 1