江苏地区猪细环病毒（TTSuVs）检测与分子流行病学调查.doc

毕 业 设 计（论 文） 设计(论文)题目： 江苏地区猪细环病毒（TTSuVs）检测 　　　　　　　　 与分子流行病学调查 学生姓名： 戴薇 指导教师： 张志成 二级学院：动物科学与技术学院 专　　业： 动物医学 班　　级：07动物医学（统本） 学　　号： 0710110147 提交日期：2011 年 5 月 日 答辩日期：2011 年5月21 日 目 录 摘要 II Abstract III 1.绪论 1 2.材料与方法 2 2.1 样品的来源及采集 2 2.2 试剂 2 2.3 引物的设计与合成 2 2.4 病毒核酸的提取 2 2.5 UTR-PCR检测 3 2.6 PCR产物纯化 3 2.7 目的基因的连接和转化 3 2.8 测序 4 2.9 序列的分析和比较 4 3.结果 5 3.1 病料检测结果 5 3.2 UTR-PCR扩增结果 5 3.3 非编码区（5′-UTR）核酸进化树分析 6 3.4 非编码区（5′-UTR）核苷酸比对分析 10 4.讨论 12 参考文献 14 致谢 16 江苏地区猪细环病毒（TTSuVs）检测与分子流行病学调查 摘要 猪细环病毒（Torque teno sus virus，TTSuVsDNA病毒，广泛分布于家猪和野猪体内。为研究TTSuVs在江苏地区猪群中的分布情况，本实验采用PCR技术对来自江苏地区6个猪场的398份血清样品进行TTSuVs检测，并对部分阳性PCR产物，转化DH5α大肠杆菌，获得5′-UTR基因序列，从而进行核苷酸比对分析和进化树分析。结果显示：TTSuVs可分为TTSuV1和TTSuV2两大分支；其单一阳性检出率分别为58.4%（227/398）和48.0%（198/398），混合阳性检出率为15.4%(64/398)；TTSuV1和TTSuV2都可分为3个亚群，其5′-UTR基因序列均发生核苷酸插入或缺失现象，点突变现象普遍存在。表明TTSuVs感染在江苏地区猪群中普遍存在，并对我国养猪产业构成潜在威胁。 关键词：猪细环病毒；江苏地区；PCR检测；分子流行病学调查 Detection and Molecular epidemiology investigation of Torque teno sus virus in Jiangsu Province Abstract Torque teno sus virus (TTSuVs) was an emerging DNA virus that widely distributed in swine and wild boar. In this experiment, a survey of TTSuVs prevalence was conducted in Jiangsu swine population . A total of 398 swine sera samples from six different farms in Jiangsu province were examined by PCR method. Selecting some positive PCR products cloned into E. Coli.DH5α for obtaining the 5′-UTR gene sequence, then nucleotide sequences comparison and phylogenetic tree analysis were carried on. The results indicated that TTSuVs could be segregated into two lineages, including TTSuV1 and TTSuV2. 58.4%(227/39) and 48.0%(198/39) were positive for TTSuV1 and TTSuV2 respectively, 15.4%(64/398) were positive for both. TTSuV1 and TTSuV2 were both classified into three subgroups, the gene sequences of 5′-UTR occurred nucleotide insertion or deletion and a large number of point mutations . In conclusion, our study provided the evidence that TTSuVs ha