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目录
摘要 - 1 -
Abstract - 2 -
1 前 言 - 3 -
2 相关知识的简介 - 5 -
2.1生物信息学简介 - 5 -
2.2数据库简介 - 5 -
2.3相关分析软件及网站 - 6 -
2.4 本研究的目的与意义 - 6 -
3 方法与分析 - 7 -
3.1 ILKAP基因及蛋白质一级结构分析 - 7 -
3.1.1 ILKAP基因cDNA的成分分析 - 7 -
3.1.2 开放阅读框查找分析 - 8 -
3.1.3 ILKAP蛋白质一级结构分析 - 10 -
3.2 ILKAP蛋白质二级结构分析 - 10 -
3.2.1 ILKAP蛋白质二级结构 - 10 -
3.2.2跨膜结构域分析 - 12 -
3.2.3蛋白的卷曲螺旋结构预测 - 12 -
3.2.4 信号肽预测 - 13 -
3.2.5蛋白质的疏水性预测分析 - 14 -
3.2.6 蛋白质结构域预测分析 - 15 -
3.3 ILKAP蛋白质三级结构预测分析 - 16 -
3.4 序列相似性分析 - 17 -
4 结论与讨论 - 20 -
4.1 结论 - 20 -
4.2 讨论 - 20 -
ILKAP基因及蛋白质的生物信息学分析
整合素连接激酶相关磷酸酶(integrinlinked kinase-associated serine/threonine phosphatase， ILKAP)是近年来发现的一种重要的蛋白磷酸酶。本论文利用NCBI数据库，DNAman，DNASTAR-Lasergene等相关的生物信息学软件及相应的生物信息学分析网站，对鼠进行基因和蛋白质结构的预测和分析，结果表明：ILKAP基因序列全长1318bp，包含一个46~1224的开放阅读框编码一个由392个氨基酸组成的蛋白质主要由α螺旋（146个）无规则卷曲（149个）和少量的折叠（69个）构成。ILKAP在哺乳动物中高度保守，人与、小鼠以及鼠与小鼠之间的同源性分别高达95%、95%、97%。ILKAP蛋白有PP2C结构域结合结构域的功能和其他物种中的ILKAP的功能，综合分析ILKAP可能与细胞凋亡的密切联系，而凋亡信号的阻断，导致了肿瘤的发生与发展。关键词: ILKAP生物信息核酸和蛋白质分析同源性 Abstract
Integrin-linked kinase-associated serine／threonine phosphataseILKAP) is found in recent years of a kind of important protein phosphatase. This paper use the NCBI database, DNAman, DNASTAR-Lasergene and related bioinformatics software and corresponding bioinformatics analysis website, on Rattus norvegicus gene and protein structure prediction and analysis, the results show that: The ILKAP gene sequence of the full-length 1318bp, contains a 46 ~ 1224bp open reading frame, encoding a consists of 392 amino acid residues of proteins, mainly composed of an alpha helix (146), without the rules of curling (149) and a small amount of folding (69). ILKAP in mammals is highly conserved, the homology between the man and Rattus norvegicus, Mus musculus and Rattus norvegicus and Mus musculus were as high as 95%, 95%, 97%. ILKAP protein has a PP2C domain, binding domain of the function and other species in the ILKAP function, comprehensive analysis of ILKAP may be associated with apoptosis in close contact, and apoptotic si
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