植物非编码小RNA研究进展.pdfVIP

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中国科技论文在线 植物非编码小 RNA 研究进展# 1 1 1,2** 沈恩惠 ,刘杨 ,樊龙江 (1. 浙江大学,生物信息学研究所和沃森基因组研究院,杭州 310058; 5 2. 浙江大学,农业与生物技术学院,杭州 310058) 摘要:在植物和动物中存在着大量非编码小 RNA (small RNA),它们通过对靶标 mRNA 直接 切割或在转录后抑制其翻译对基因表达起调控作用。本文主要综述了该领域的2 方面进展: (1)miRNA介导的phasiRNA:由miRNA介导的phasiRNA 可由编码和非编码位点产生,介绍 了 phasiRNA 产生的模式特征,以及 phasiRNA和 miRNA 的进化机制;(2)介绍了最近出现 10 的内源 miRNA 诱捕靶标(Endogenous Target Mimics,eTM)研究进展,包括利用人工诱捕靶 标检验miRNA的功能,通过生物信息学方法在全基因组水平计算识别eTM等。 关键词:miRNA;siRNA;phasiRNA;eTM;生物信息学 中图分类号:S-1 15 Recent studies on non-coding small RNA in plants 1 1 1,2 SHEN Enhui , LIU Yang , FAN Longjiang (1. Institute of Bioinformatics James D Watson Institute of Genome Sciences, Zhejiang University, Hangzhou 310058, China; 2. Department of Agriculture and Biotechnology, Zhejiang University, Hangzhou, 310058, China) 20 Abstract: There are a plenty of non-coding small RNAs in plants and animals, which regulate gene expression via direct cleavage of target mRNAs or inhibition of translation in post-transcriptional level. In this paper, recent studies on miRNA-mediated phased siRNAs (phasiRNA) and endogenous target mimics (eTM) were reviewed: (1) phasiRNAs can be generated in both coding and non-coding loci and some require miRNA-mediated cleavage for their biogenesis. Pattern and evolutionary mechanism of 25 miRNA-mediated phasiRNAs were discussed ; (2) genome-wide identi

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