核基因在鱼类分子系统学研究中的应用.pdfVIP

2013年3月 重庆师范大学学报(自然科学版) Mar·2013 !!!：!!!!竺竺 篁!!堂堑!塑 !!!：竺!!!竺!!!!!!!!些!!竺!!!!至!至!!：!些!!兰!!!：兰!!!! 核基因在鱼类分子系统学研究中的应用。 朱敏，刘智皓，旷毓婵，贾向阳，李英文 (重庆师范大学生命科学学院重庆市动物生物学重点实验室，重庆401331) 摘要：利用分子标记探讨鱼类的系统发育和分子进化已经逐渐成为现代鱼类系统学研究的热点之一。本文综述了核基因 在鱼类分子系统发育和分子进化研究中的应用现状及其存在的优缺点。常用的核基因主要有核糖体基因，其中保守的 18S rDNA及28SrDNA主要用于研究高级分类阶元；在研究亲缘关系较近的物种以及不同地理种群时，比较常用到的则 formes)等鱼类系统发育时并不能成为最佳的选择。最近的研究表明，核基因能够弥补线粒体基因的缺陷，并可广泛应用 于鱼类系统发育研究。然而，核基因的应用也面临着如下问题：1)因核基因重组导致数据分析难度较大；2)鉴定不同类群 时存在一定误差；3)单倍性核基因片段较难获得；4)对某些进化时间短的群体的系统发育研究效果较差。随着上述问题 的逐步解决，核基因的应用将会更加广泛。 关键词：分子系统学；核基因；鱼类 中图分类号：Q959．4；Q75 文献标志码：A 传统的鱼类进化历史及亲缘关系的确定主要依赖 体基因不能解决的类群，并且能够获得较为理想的结 于形态学及生理学特征，并取得了相当大的成效n。2：， 果口一。本文概述了在鱼类分子系统发育研究中常用的 但由于化石标本的缺乏、趋同进化及形态特征信息的 几个核基因及主要优缺点，以期为核基因在鱼类分子 不足等原因，使之在用于鱼类系统学中时受到限制。 系统发育方面的研究提供较为系统的信息资料。 随着分子生物学技术的发展，越来越多的研究者 1常用核基因的应用 将其目光聚焦于生物遗传物质——DNA，并在过去的 数十年内，取得了很大的进步和发展口]。其中，线粒体 1．1核糖体基因 DNA因分子量小、无重组、拷贝数多等优点，在系统发 与其他蛋白编码核基因不同，核糖体核基因主要 育研究中得到非常广泛的应用，也取得了较为满意的 编码核糖体RNA。由于脊椎动物核糖体基因具有不 结果。然而随着研究工作的深入，线粒体基因的研究 同速度的进化区域，如保守的编码基因18S基因、28S 缺陷也逐渐暴露出来，如存在分子异质性(Genetic基因等，同时还包括基因之间进化较快的转录间隔区 heterogeneity)、遗传信息单一、基因渗入等[4]。随着 基因克隆的出现和发展，研究者发现核基因能够弥补 物种的系统发育研究[1…。 5S 1．1．1独立的5SrDNA(5S) 线粒体DNA的研究缺陷。在研究复杂环境对群体遗 rDNA及它的非转 传的影响时，核DNA往往获得比线粒体DNA更为可录间隔子(NTS)共同编码在核糖体大亚基形成时参 与它组装的5SrRNA。5S与其他核糖体基因相对独 靠的结果一…。对于某些鱼类如鲤形目(Cyprini— formes)、鲈形目(Perciformes)等而言，不同的线粒体立，位于不同的染色体。在大多数真核生物中，5S的 核苷酸片段构建的系统发育树不尽相同，甚至利用不 拷贝数远远多于其他核糖体基因[1川。在不同的脊椎 同的线粒体核苷酸片段构建的系统发育树获得的结果