EST-SNP开发软件特性分析及比较.pdfVIP

《牛命的化学 2011 31巷 6期 · 906 · CHEMISTRYOFLIFE2011，31(6) ●TechniqueandMethod 丈 编 号：1000—1336(2011)06—0906—06 EST-SNP开发软件特性分析及比较 李 猛 郭大龙 刘崇怀 张国海 河南科技人学林学院，洛阳471003 中国农业科学院郑州果树研究所，邓州450009 摘要：利用q物价息学软什，对表达序列标签(EST)序列进行 核ff酸多态性(SNP)开发 目前已较为普遍，其方法简 实川I，n 软什数肇较多，i,I3)-为需要测序峰图~gSNPJF发软件和小需要测序峰 的SNP开发软件。对何测序峰 的序列进行sNP 发， 操作步骤较少 结果较为精确；对无测序峰图的序列进~,iSNP)F发可大批量操作且成本较低。本文针对这两类软件进行分析比 较，闸述EST-SNP开发流稗，匝点分析 以公共数据库中ESTfF3／I]为 础的SNPJF发过程，蚪对儿各种使用参数加以蜕叫， 为EST-SNP开发提供参考，提高效率。 关键词：SNP；软件分析；测序峰图；EST序列 中图分类号 ：Q81 核f_i：酸多态性(singlenucleotidepolymorphism， 假l5H性率低，同时还能鉴定……SNP~t[成的 休 SNP)是指 组 内DNA某 一特定核苷酸位置上的转 (haplotype)；缺点是J作量人，花费矗，非 一般的实 换、颠换 、插入、缺失等变化。一般情况 ，我们 验室能独 完成。因而此方法只J}】J特定SNP的丌发 所指的SNP不包括碱 的插入Lj缺欠 J。SNP作为近 和验证 ；(2)利用生物信息学的方法。该方法足利川 年来出现的第 i代遗传标记，[i1前l巳广泛应用于遗 生物信息学软件从核酸数据库 丌发SNP，通过软件 传连锁网 构建 j、多样性分析 J、品种鉴定 和晕 自动识刖序列中的多态性他点，从而得剑候选SNP， 性状的荩因定位I等相关研究中，具有密度高、遗 是 种·成本较低n．简单有效的SNPJF发策略。 传稳定性强、易 r实现 自动化分析等特点，比以简 近年米，随着表达序列标签(expressedsequence 序列 复(simplesequencerepeat，SSR)为代表的第2 tag，EST)计划 不同物种问的开展~lIOF究内 的深 代分了标 效率更高，更适川于高通 的检测分 入，来源丁不同物种、 同组织、 同细胞类J和 析。珲沦 卜iJ}，仟何用于SNP检测的手段都可以川_J 同发 育阶段的基 表达序列的数 ¨ 公J数据库 SNP的 发，仉 前SNPff9丌发j三要|通过两种途径： f【|急剧 kTI。截lk~12o11年3川，美 家，卜物披术 (1)DNAJf)增片段的 接测序。这是开发SNP最简单 信息中I~,(NCBI)的dbEST数据库 收录~6900多万条 的方法，其原理是根据ESTIF#I]或者 拷贝基因组序 EST序列，这些表达序列都为SNP的丌发提供r良好 列进行引物设计，选择有代表性的个体进行扩增， 的基础。由于EST序列来 自转录区，保 性较高，I大1 产物测序后进行序列比对。此方法的优点是丌发SNP 此，荩fEST序列信息开发 的SNP可能 j表达