先天性心脏病相关易感基因的预测性研究.pdfVIP

· 928 · 中国病理生理杂志 ChineseJournalofPathophysiology 2011，27(5)：928—933 [文章编号] 1000-4718(2011)05—0928-06 先天性心脏病相关易感基因的预测性研究 刘 毅， 李秀英， 莫雪梅， 张 光， 孙晗笑 (暨南大学药学院基因组药物研究所 ，广东 广州510632) [摘 要] 目的：应用生物信息学预测先天性心脏病相关易感基因，为先天性心脏病的临床诊断和治疗提供 理论依据。方法：通过OMIM数据库获取已知的先天性心脏病相关易感基因。将已知的疾病相关易感基因作为 “种子基因”，利用蛋白质相互作用网络寻找邻近节点中富集了疾病相关易感基因的 “种子基因”，并视其邻居基因 为候选的疾病相关易感基因。对已知的疾病相关易感基因进行GO、Pathway和HumanPhenotype富集分析，并据此 注释候选基因；运用文献挖掘法对候选基因进行验证性分析。结果：通过OMIM共获取已知的先天性心脏病相关 易感基因28个，发现邻近节点中富集了疾病相关易感基因的 “种子基因”4个，得到候选的疾病相关易感基 因20 个，通过功能富集分析从中预测出新的先天性心脏病易感基因7个。文献挖掘发现这7个基因在心脏发育过程中 均起着极其重要的作用。结论：通过生物信息学分析发现7个候选基因与已知的先天性心脏病相关易感基因关系 密切 ，提示该病的发生是多种基因相互作用的结果 ，为后续深化该病机制研究提供了有效的指导。 [关键词] 心脏病，先天性；蛋白质相互作用网络 ；疾病易感基因；功能富集分析 [中图分类号] R318．04 [文献标识码] A doi：10．3969／j．issn．1000—4718．2011．05．018 Prediction ofcongenitalheartdisease—-related susceptibilitygenes LIU Yi，LIXiu—ying，MO Xue—mei，ZHANG Guang，SUN Han—xiao (InstituteofGenomicMedicine，CollegeofPharmacy，JinanUniversity，Guangzhou510632，China) [ABSTRACT] AIM：Tounderstandthemolecularpathogenesisofcongenitalheartdiseaseandprovidetheoretical guidelineforclinicaldiagnosisand treatment，congenitalheartdisease—related susceptibility geneswerepredicted． M ETHODS：Congenital heartdisease—relatedsusceptibilitygenesrecordedinNCBIOMIM databasewereconsideredas “ seedgenes”andextracted．Protein—proteininteractionnetworkwasutilizedforsearching “seedgenes”．whoseneighbor- hoodenricheddisease—relatedsusceptibilitygenes．Oncethetarget“seedgenes”wereidentified．itsneighborgeneswere consideredascandidatedisease—relatedsusceptibilitygenes．Thecandidategeneswereannotatedaccordingtothefunc- tionalenrichmentanalysisofGO，PathwayandHumanPhenotypefortheknowndisease—relatedsusceptibilitygenes．Lit- erature—miningmethodwasutilizedofrval