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第 31卷 第 9期 热 带 作 物 学 报 Vo1．31 No．9 2010年 9月 CHINESE JOURNAL OFTROPICAL CROPS Sep．2010 甘蔗 EST序列的SSR信息分析 闫学兵 ，阙友雄 ，许莉萍 ，郭晋隆 ，陈如凯 ，潘永保 1农业部甘蔗遗传改 良重点开放实验室．中国福州 350002 2美国农业部甘蔗研 究所 ，美国路州，70360 摘要 从 NCBI公共数据库获得 262l13条甘蔗 EST．通过前处理和聚类拼接得到全长为 50058．89kb的无冗余 Unigene62565条。在这些序列 中搜索出9482个 SSRs，出现频率是 15．15％；平均 5．28kb出现 1个 SSR。三核 苷酸重复是主要的类型 ，占总 SSRs的 45．92％。CT和 CGC是二 、三核苷酸中的优势重复类型 ，分别 占二 、三核 苷酸重复的21．22％和 8．18％。此外还对筛选出的SSR进行多态性预测 。得到了长度在 20bp以上的低级基元一、 二 、三核苷酸 EST—SSR共 1405条 ，占长度 2Obp以上的 SSR总数 的59．16％。结果为甘蔗 EST—SSR标记 的开发 和相关分子生物学研究提供资料和奠定基础 关键词 甘蔗 ；表达序列标签 ；简单重复序列 ：特性 doi 10．3969／j．issn．1000-2561．2010．09．012 中图分类号 $566．102 简单重复序列 (Simplesequencerepeats，SSRs)，又叫微卫星 (Microsatellites)标记。与其它分子标记 技术相比，SSR标记是一种共显性遗传标记 、多态信息含量高 ，同时还具有特异性强、重复性好等特点flJ， 自20世纪90年代 以来已经被遗传学家广泛应用 。目前 ，SSR标记 已经在基 因组作图、种质资源遗传多样 性分析 、构建指纹图谱 、品种鉴定和基因诊断等研究领域显示出较大的应用潜力2[3。根据序列性质不同．SSR 标记主要分为基因组 SSR(GenomicSSR，gSSR)和表达序列标签SSR(ExpressedsequencetagSSR，EST— SSR)两种 。与 gSSR标记相 比，从 EST数据库 中获得 SSR以建立 EST—SSR标记要经济得多．并且 EST— SSR标记源于基因的转录区，与 目标基因功能之间的关联较密切 ，因此 ，比gSSR标记具有更高通用性3[1。 同时，生物学技术的发展和实验成本 的降低以及公共数据库 EST数量的增加 ．为 EST—SSR的开发提供了 丰富和极有价值的可利用资源 。基于 NCBI数据库 中甘蔗 EST—SSR的信息分析在国内外尚未见相关报道 。 本文利用 NCBI公布的甘蔗 EST数据 ．筛查 SSR重复序列 ．为甘蔗 EST—SSR标记的开发和相关 的分子生 物学研究奠定基础 1 材料与方法 ’ 1．1 甘蔗 EST来源 甘蔗EST来 自NCBI的 dbEST数据库 (http：／／www．ncbi．ntm．nih．gov／dbEST／)，共计 262113条。 1。2 EST前处理 用 Cross — match (http：／／www．phrap．0rphredphrapc0nsed．html#block—phrap))~蔽序列中的载体序列；Blast (http：／／blast．ncbi．nlm．nih．gov／Blast．cgi)比对污染序列数据库去除序列 中的污染序列 ：再用 repeatemasker (http：／／www．repeatmasker．)【rg)屏蔽序列中的重复序列；EST—trimmer(http：／／pgre．ipk—gatersleben．de／misgdown一 基金资助 ：现代农业产业技术体系建设专项资金(No．nycytx一024)，国家 948项 目(2010一C21)资助。 第一作者简介 ：闰学兵，男，在读硕士。研究方向：生物信息学。E-mail：yanxuebing0k@l63．com。 通讯作者，许莉萍，博士，研究员。研究方 向：作物病害与分子育种。 E—mail：xlpmai