蛋白质-核酸复合物中氢键和范德华力作用位点偏好性分析.pdfVIP

第31卷 第4期 南 京 邮 电 大 学 学 报 ( 自 然 科 学 版 ) V01．3l No．4 2011年 8月 JournalofNanjingUniversityofPostsandTelecommunications(NaturalScience) Aug．2011 蛋 白质一核酸复合物中氢键和范德华力作用位点偏好性分析 吴建盛 ，晏善成 ，武灵芝 ，汤丽华 ／1．南京邮电大学地理与生物信息学院，江苏 南京 210046 ＼2．东南大学 生物电子学国家重点实验室，生物科学与医学工程学院，江苏南京 摘 要：对蛋 白质一核酸复合物结构中氢 范德华力作用位点氨基酸与核苷酸的偏好性 (即相对使用频率)进行 了 统计分析。发现：(1)在蛋白质一DNA复合物结构 中，范德华力作用对与氢键数量相当；而在蛋白质一RNA复合物结 构中，范德华力作用对数量要远多于氢键；(2)复合物结构 中氢键和范德华力作用住点上对氨基酸的偏好性差异显 著；(3)氨基酸的极性 大小及方向在决定它是否与 DNA／RNA分子形成氢键 ／范德华力相互作用时起到重要 的 作用 。 关键词：蛋 白质一核酸复合物；氢键；范德华力；偏好性 ；氨基酸极性 中图分类号：Q527+．2 文献标识码：A 文章编号：1673-5439(2011)04-0138-07 AnalysisofPropensitiesatHydrogenBonding／VanderWaals ContactingInterfacesin Protein-nucleicAcidComplexes WU Jian．sheng ，YAN Shan．cheng ，WU Ling—zhi，TANG Li—hua， ，1．CollegeofGeographyandBiologicalInformation，NamingUniversityofPostsandTelecommunications，Naming210046，China 、 ＼2．StateKeyLaboratoryofBioelectronics，SchoolofBiologicalScienceandMedicalEngineering，SoutheastUniversity，Nanjing210096，China] Abstract：Statisticalanalysisismadeofpropensitiesofaminoacidsandnucleotidesusageatprotein—nu— cleicacidinterfacesbyhydrogenbondsorvanderWaalscontacts．Theresultshaveshownthat：(1)For thenumberofvanderWaalscontacts，itisroughlythesameasthatofhydrogenbondsintheprotein— DNAcomplexstructures，butisfarmorethanthelatterintheprotein—RNAcomplexstructures．(2)In protein—nucleicacidcomplexstructures，therearesignificantdifferencesbetweentheinteractionpropensi— tiesofaminoacidsrecognizingnucleotidesbyhydrogenbondsandbyvanderWaalscontacts．(3)The sizeandorientationofthepolarityofaminoacidsplayimportantrolesin determiningwhethertheybind DNA ／RNA moleculesbyhydrogenbondsorvanderWaalscontacts． Keywords：protein-nucleicacidcomplex；hydrogen bonds；van derWaalscontacts；bindingpropensity； polarityo