肝组织选择性细胞通讯类基因转录调控网络构建.pdfVIP

· 1582 · 南方医科大学学报 (JSouthMedUniv)2008;28(9) 肝组织选择性细胞通讯类基因转录调控网络的构建 1,2 1 1 1 1 1,3 1 2 廖之君，马文丽，梁爽，孟伟，商涛，郑文岭（ 南方医科大学基因工程研究所，广东广州 ； 福 510515 3 建医科大学生物化学与分子生物学系，福建福州 ； 华南基因组研究中心，广东广州 ） 350004 510800 摘要：目的探讨肝脏组织选择性基因表达的转录调控机制。 方法按照基因功能的差异对组织选择性 探针 Affymetrix 集（共 条探针）进行聚类，挑选肝组织选择性细胞通讯类 基因进行研究。 收集各基因上游的 个碱基序 3919 (LSCC) 500 列用种软件分别预测这些基因的转录因子 以及转录因子结合位点 并进行文献挖掘最后构建基因转 ， 3 (TFs) (TFBS) ， ， 录调控网络。 结果获得含个基因的肝组织选择性细胞通讯类探针集，两种软件预测分别得到和个 ，两者 23 50 72 TFs 交集有个相同 ，得分最高前条 序列基本上与预测的 相对应，文献挖掘结果提示 基因和 18 TFs 10 TFBS TFs LSCC TFs 除具有肝组织的选择性、转录因子的一般性词汇外，还与白蛋白、糖尿病、葡萄糖、脂类、代谢、JNK 等显著相关。 调控网 络显示 基因和 具有参与糖脂代谢调节结合转运功能凝血信号转导炎症应答等功能未进入网络的 LSCC TFs 、 ， 、 ， ， ，