MHC-Ⅱ类抗原表位预测软件的对比评价.pdfVIP

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2017-09-13 发布于江苏
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MHC-Ⅱ类抗原表位预测软件的对比评价.pdf

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生物医学工程研究 2o10 。 JournalofBiomedicalEngineeringResearch… - 一 8～132 ．29(2}_l2 —一 MHC—II类抗原表位预测软件的对比评价* 李胜涛，刘昌文，邹泽红，陶爱林△ (广州医学院第二附属医院，广州510260) 摘要：比较不同MHC—II类抗原表位预测软件的优缺点，为后续应用提供依据。在众多mA—II类抗原表位中，选取ⅢA—DR的6个表位(DRB10101，03O1，0401，0701，1101和 1501)为代表，选取MHCBN数据库中的309条已知抗原表位的肽链为待测肽链。使用近年来常用的7个表位预测软件，根据不同软件的临界值确定入选结果数据，比较各软件所得结果与已有的实验结果之间的差距以确定其优劣。综合7个软件预测结果进行评价，得出NetMHCII和 №tMHCIlpan所得结果准确率最高。可以用NetMHCII~，an及 NetMHCII 进行MHC—II类分子抗原表位预测。不同软件 HLA的各个亚型的预测所得指标不一致，提示综合运用不同软件对多肽表位进行预测十分必要。关键词：MHC—II；表位预测；临界值；软件；比对中图分类号：R318 文献标识码：A 文章编号：1672．6278 2【010)02．0128—05 ComparativeAssessmentofDifferentSoftwares forM HC——IIAntigenEpitopePrediction LIShengtao，LIU Changwen，ZOU Zehong，TAO Ailin ， (TheSecond4$d~tedHospitaltOmngzhouMedicalCollege， ou510260，China) Abstract：TocomparedifferentsoftwaresonthepredictionefficacyofMHC—IIepitopes．From anumberof HLA classⅡsubtypes。six mA—DRloci(DRBI*0101，0301，0401，0701，1101and1501)wereselectedasrepresentativeHLA．309peptideswerechoesnfrom MHCBN databaseas testers，ofwhichhteepitopeswere well—studiedbyformerexperimentsandclassifiedintofourbindinggroups．Seven COlTlinonlyusedepitopepredictionesftwareswereappliedonhtepepfidesnadhtebindingadatofeachpepfidewer。obtainedby eachsoftware． Theexperimentaladtanadsoftwaredaat of allpepfideswere comparedin~relle1．Fiveaccuracyindexwereusedtoevaluatetheosftware． Theresultsshowedthateachosftwareeslectde hasmadefullepitopepredictiononallpeptidesandHLA loci．However．ht