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胸膜肺炎放线杆菌和猪瘟病毒的基因组测序与比较基因组学研究 摘要 猪传染性胸膜肺炎(PorcineContagious swine 猪瘟(Swinefever，SF)，欧洲人称为古典猪瘟(Classical fever，CSF)，是由猪瘟 fever swine virus，CSFV)弓i起的一种高度接触性和致死性传染病。这两 病毒(Classical 种重要的病原微生物所引起的疾病已经给全世界的养猪业造成了巨大的经济损失。 随着高通量测序技术的发展，越来越多的基因组序列被测序完成，对基因组序 列的比较分析为探索微生物的遗传变异提供了一个崭新的机会。我们利用生物信息 学的分析方法和策略，对以上2种病原微生物的基因组序列进行了深入地比较与分 析，描述了基因组序列结构与病原的致病能力／代谢机制之间的关系。主要的研究内 容包括： 1．APP的基因组测序与分析 目前，APP根据表面脂多糖和荚膜多糖的不同划分成至少15个血清型，不同血 清型菌株的毒力、抗原性和地域分布不尽相同。APP血清型的这些特点为发展安全 有效的疫苗和简易的诊断方法带来了困难。 APP代谢和致病的分子机制一直以来都是兽医界和诊断医学界研究的热点。但 是APP基因组信息的缺乏已成为制约该细菌研究技术发展的瓶颈。因此，解析我国 流行的优势血清3型APP的全基因组序列，不仅为国际APP基因组计划提供了“参 考序列’’，而且为该病防治技术的研究提供了理论依据和研究材料。 在本研究中，我们对一株在中国流行的优势血清3型APPJL03株进行了基因组 测序，并且首次对APP进行了全面的功能注释和分析比较。完成测序的JL03基因 组由一个长度为2,242，062bp的染色体组成，一共预测出2097个蛋白质的编码序列， 加拿大测序完成的APP血清5b型L20株的长度约为2．27 Mbp，含有2012个CDS： Mbp， 株均为强毒株。 通过APP三个菌株间以及APP与巴斯德菌科其他物种的比较基因组学的研究， 详细描述了APP的代谢机制和致病性／毒力的特征。确认了APP代谢通路上的一系 列基因，证实APP可以通过发酵和呼吸(有氧呼吸和无氧呼吸)两种方式产生能量 (ATP)，并且为阐明这一复杂的代谢网络提供了一个全面的遗传基础。在JL03基因 组中，鉴定出一些特征性的基因组岛：同化硫还原基因串；Flp鞭毛合成基因串，参 与细菌黏附作用；荚膜多糖合成基因串，参与细菌荚膜多糖的合成；脂多糖O抗原 基因串，参与细菌O抗原的合成。同时，我们发现在L20株中存在一个37．7kb的 4 胸膜肺炎放线杆菌和猪瘟病毒的基因组测序与比较基因组学研究 基因组岛，其上编码了8个噬菌体相关基因，该岛未在JL03株中发现。这些基因组 岛的发现为进一步研究APP血清多样性的机制提供了基础。 另外，我们描述了与细菌毒力相关的一整套基因，JL03株中的某些基因发生了 遗传上的丢失或者不同类型的突变。以上分析证实了以往对该病原毒力决定簇的认 识，为解释不同血清型菌株之间毒力的差异提供了理论依据。 总之，APP基因组序列结构的解析和编码蛋白质功能的初步分析不仅证实了该 菌部分生理生化的表型特征，并且为探索这个重要病原菌的毒力和代谢的特征提供 了新的研究设想。 2．CSFV的基因组测序与分析 CSFV属于黄病毒科瘟病毒属，只有单一的血清型，是一种单正链的RNA病毒。 在本研究中，我们对一株分离自中国河南的CSFVS删CA／2004株进行了基因组测 序和分析比较。SWH／CA／2004基因组cDNA的序列长度为12296 nt(GenBank登陆