向日葵保守性microRNA的预测与分析.pdfVIP

2012．6 作物杂志 Crops 向日葵保守性microRNA的预测与分析 周向红 易乐飞 王 萍 (淮海工学院海洋学院，222005，江苏连云港) 摘 要 microRNA是一类非编码 的小分子 用 l4J。不同植物的microRNA存在着序列和结构 RNA，通过与靶 mRNA的互补来抑制靶mRNA的翻 保守性，这种保守特性使得利用生物信息学方法预 译或者降解靶mRNA，从而在转录后水平对基因表 测和研究microRNA成为可能 ，4J。随着基因组测 达发挥调控作用。为了快速挖掘向 目葵microRNA 序计划的不断开展，各类核酸序列大量涌现，利用生 及其靶基因的相关信息，根据 microRNA序列及其 物信息学方法 已经成功预测 了大豆 (Glycine 前体结构的保守性，在向日葵核酸数据库中预测并 max,)[5／、大麦(Triticumaestivum) 、番茄(Lycopersi— 分析了向日葵microRNA及其靶基因。经过筛选最 COnesculentum) 和棉花 (C,ossypiumhirsutum) 等 终获得 了7个向日葵 microRNA，其成熟microRNA 多种生物的microRNA，并且预测结果也得到了实验 的长度为 18～21nt，前体长度为72～148nt，最小折 验证 。 叠 自由能 系数为 0．90～1．19。获得 了向 日葵 mi． 向日葵 (Helianthusannum)不仅是主要的油料 croRNA的靶基因16条，这些靶基因参与了转录调 作物，而且是耐盐碱和耐干旱的重要作物，因此向日 控、营养阶段转换调控、种子萌发调控、花发育调控、 葵成为了重要的耐盐碱模式作物。目前鲜有向日葵 信号传递以及环境刺激的响应等过程。 microRNA的相关报道，因此迫切需要对其进行数据 关键词 向日葵；microRNA；生物信息学 挖掘。利用多种生物信息学软件以及 GenBank中 向日葵的EST(expressedsequencetag)和 GSS(ge— microRNA是一类内源性的、非编码的、长约21 nomesurveysequence)序列，预测并分析了向日葵 个碱基的小分子 RNA_lJ。最早于 1993年在线虫 microRNA及其靶基 因，为进一步研究向日葵的发 (Caenorhabditiselegans)中发现 j，随后发现其广泛 育、抗逆和基因表达调控奠定基础。 分布于各类动植物中。最近 10年的研究发现 mi． 1 材料与方法 croRNA是细胞内一类重要的调控分子，其通过与靶 1．1 序列来源与预处理 mRNA的互补来抑制靶 mRNA的翻译或者降解靶 从 miRBase数据库 (http：／／www．mirbase． mRNA，从而在转录后水平对基因表达发挥负调控 作用…。microRNA参与了植物的一系列重要生命 org／)中下载拟南芥(Arabidopsisthaliana)、琴叶拟南 芥 (Arabidopsislyrata)、玉米 (Zeamays)、蒺藜苜蓿 活动进程，例如花器官发育与开花、激素信号转导、 (Medicagotruncatula)、水稻 (Oryzasativa)、高梁 叶片发育和组织器官的形态构建等；microRNA也参 (Sorghumbicolor)和大豆的microRNA序列。为了 与了植物的逆境响应过程，例如参与养分胁迫、干旱