核酸与蛋白质分析（II）.pptVIP

核酸與蛋白質的分析 (II) 陽明大學 生物資訊學研究所 楊 永 正 上次課程複習 emboss程式簡介 Revseq: 互補、倒置 Transeq: 轉譯 Backtranseq: 反轉譯 (可能產生多條序列) 密碼表 基因體資訊存於GenBank 反轉譯出的核酸序列可能與原序列不同 反轉譯出的核酸序列與原序列不同， 是否可在Genbank中找到原序列? 5’-ATGGGCGAGAAGGCCCTG-3’ 提 示 使用資料庫搜尋程式blastn /BLAST/ Submit sequence for blast analysis Format blast result Wait for results Blastn results Search for short, nearly exact matches 反轉譯出的核酸序列，在Genbank中不找到原序列。 該怎麼辦? 必須有更長的序列 (請回去後做習題組，在週一上午上課前將結果寄到binfo@.tw) 上述序列是來自於 Xenopus laevis的TFIIIA 基因，如何才能查到此序列? 關鍵字查詢: Xenoups, TFIIIA / 有了整個基因的核酸序列，要怎麼找相似的基因? 利用非洲水生蛙的TFIIIA基因，找其他生物的TFIIIA基因，或與TFIIIA相似的基因 提 示 先找到Xenopus laevis之TFIIIA蛋白質序列 再使用資料庫搜尋程式blastp /BLAST/ 解答 – 尋找序列 解 答 - blastp 若想知道TFIIIA 蛋白質中是否有蛋白質模組樣式(pattern)，應使用哪一個程式分析? /emboss/ 解 答 /Pise/5.a/patmatmotifs.html 甚麼是 ZINC_FINGER_C2H2_1? 提示: 請在網路上尋找Prosite資料庫中，鋅指(zinc finger)模組的說明。 鋅指(zinc finger)模組的發現 Diagonal MatrixMethod Scoring 在Emboss套組中是否有繪製dotplot 的程式? /emboss/ 解 答 /Pise/5.a/dotmatcher.html 甚麼是window size與threshold? Window Threshold 三維示意圖 在dotplot 上可以看到多少個鋅指模組? 提示: 試調整Window size 與Threshold 討 論 該如何讀取相似的位置? How to read a dot matrix plot? What is the pattern of repeats? 基因的特徵:分子解剖學 基因的調控:分子生物學 蛋白質可以辨識核酸序列 怎樣尋找可能的蛋白質接合位置? 如果一個蛋白質可以調控多個基因，這些基因應有相似的蛋白質接合位置 解 答 由“MGEKAL”反轉譯出的核酸序列在Genbank中會找到多少相似的序列? EMBOSS: fuzznuc /Pise/5.a/fuzznuc.html 使用 IUPAC密碼對照表 N代表任何核苷酸 `[ ]‘表示，例如 `{ }‘表示此位置，例如 . Ambiguities are indicated by listing the acceptable nucleotides for a given position, between square parentheses. For example: [ACG] stands for A or C or G. Ambiguities are also indicated by listing between a pair of curly brackets the nucleotides that are not accepted at a given position. For example: {AG} stands for any nucleotides except A and G. Each element in a pattern is separated from its neighbor by a `-. (Optional in fuzznuc). Repetition of an element of the pattern can be indicated by following that element with a numerical value or a numerical range between parenthe