HIV-1辅助受体CCR5与其天然配体结合效果的综合评价.pdfVIP

HIV-1辅助受体CCR5与其天然配体结合效果的综合评价.pdf

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第33卷 第6期 中山大学学报(医学科学版) Vol-33 No.6 2012年 11月 JOURNALOFSUNYAT—SENUNIVERSITY(MEDICALSCIENCES) NOV 2012 · 信息研究 · HIV一1辅助受体CCR5与其天然配体结合效果的综合评价 焦诗卉,何 淼 (中山大学生命科学学院,广东 广州510275) 摘 要:【目的】探讨 CCR5蛋白与天然配体的结合姿态位置,寻找CCR5的优化对接靶点及与天然配体结合的最优姿 态,为HIV一1新型药物研发提供依据。方【法】运用SWISS—MODEL构建天然配体的三维结构,运用Discoverystudio软件 ZDOCK模块模拟3种天然配体 RANTES,MIP一10【和MIP一1p与CCR5对接 ,分析对接姿态,计算 ZDOCK综合得分,评估结 合效果优劣。【结果】RANTES、MIP一10【和MIP一131这3种天然配体主要是在N末端或第二个胞外环与CCR5蛋白结合。并且 RANTES较MIP—la和MIP一113有更强的抑制作用。 【结论】第二个胞外环可能是多肽抑制剂与CCR5结合的主要位点。对 于RANTES的分子修饰是未来研发多肽类CCR5抑制剂的首选方向。 关键词 :DiscoveryStudio;CCR5;HIV一1;天然配体 中图分类号:Q354 文献标志码 :A 文章编号:1672.3554(2012)05—0848—04 InhibitionEvaluationofNaturalInhibitorsofCCR5forHIV.1 JIAOShi—hui,HEMiao (LifeSciencesSchool,SunYat—senUniversity,Guangzhou510275,China) Abstract:【Objective】ToseektheoptimalinhibitorandthebestposesofCCR5bycomparingtheinhibitionsofnaturalinhibitors. Toprovideabasisfornewdrugdevelopmentofanti—HIV一1.M【ethods]Thethree—dimensionalpatternsofthreepeptides,RANTES, MIP一1o【andMIP一1 , weresynthesizedbythesoftwareSWISS—MODEL, thedockingresultsthateachinhibitordockswithCCR5 proteinhadbeenobtainedusingDiscoveryStudioZDOCKsoftware.TheInhibitionhadbeenevaluatedbyZDOCKscore.[Results】The optimalsitesofthesethreepeptideinhibitorsdockingwithCCR5weretheN—terminalandthesecondouterringofthecel1. The InhibitionofRANTESisstrongerthanthatofMIP一1andMIP一113. C【onclusion】Thesecondouterringofthecellmaybethemost activesiteofdocking.AndmodificationofRANTESiSapreferreddirectionoffutureR &D peptideCCR5inhibitors. Keyword:DiscoveryStudio;CCR5;HIV一1;peptideinhibitor [JSUNYat—senUniv(MedSci),2012,33(5):848—8511 cC趋化因子受体 5(CCchemokinereceptor5. 的感染过程中,HI

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