毛竹Stowaway-like MITEs转座子的分离与分析.pdfVIP

第46卷 第 4期 林 业 科 学 Vo1．46．No．4 SCIENTIA SILVAE SINICAE Apr．，20 10 2010年 4 月 毛竹 SSttmowawa,yy-lliikkeeMITEs转座子的分离与分析木 钟 浩 周 明兵 白有煌 汤定钦 (1．浙江林学院 浙江省现代森林培育技术重点实验室 临安 311300；2．浙江大学生命科学学院生物信息系 杭州 310058) 摘 要 ： 微型颠倒重复序列 (miniatureinvertedrepeattransposableelements，MITEs)是一类对基 因组进化和基 因表 达有重要调节作用的转座子。为分析 MITEs在毛竹基因组中的分布特性 ，借鉴 FastIsolationbyAFLPofSequences Containingrepeats(FIASCO)方法，首次构建 Stowaway．1ikeMITEs富集文库。随机挑取21个克隆，测序发现 2个含 有 St0w。0Y．1ikeMITEs序列 (StowPhi和 Stow—Ph2)，阳性率为 9．52％。Stow—Phi和 Stow—Ph2的长度分别为 260 和258bp，具有 Stowaway．1ikeMITEs典型的末端颠倒重复序列 (terminalinvertedrepeats，TIRs)和靶位点重复序列 (targetsiteduplication，TSD)。Stow—Phi和 Stow—Ph2与水 稻 的 StowOs8(FJ266024)的同源性分别为 46．4％和 52．6％。Stow—Phi和Stow—Ph2与水稻 16类 Stowaway．1ikeMITEs的TIRs前 2Obp的相似性均高于 50％，表明毛竹 的Stowaway—likeMITEs在 TIRs上是高度保守的。 关键词 ： 毛竹 ；磁珠富集 ；转座子 ；TIRs；Stowaway—likeMITEs 中图分类号 ：s718．46 文献标识码 ：A 文章编号 ：1001—7488(2010)04—0037—06 IsolationandAnalysisofStowaway-likeM ITEsfrom DNA Libraries EnrichedinPhyllostachysedulis ZhongHao ZhouMingbing BaiYouhuang TangDingqin (1．ZhejiangKeyLaboratoryforModernSilviculturalTechnology ZhejiangForestryUniversity Lin’an311300； 2．DepartmentofBioinformatics，CollegeofLifeSciences，ZhejiangUniversity Hangzhou310058) Abstract： Transposable elementswere a kind ofDNA fragments movable in genomes． Miniature inverted repeat transposableelements(MITEs)wereaclassofshort，widespreadtransposableelementswithhighcopynumberwhich playedanimportantrolein evolutionofgenomeandregulationofgeneexpression．In ordertoanalyzethedistributionand characteristicsofMITEs in Phyllostachysedulisgenome，DNA library enriched forStowawa