毛竹EST资源SSR标记分析与筛选.pdfVIP

园 艺 学 报 2011，38(5)：989—996 http：／／ww ahs．ac．cn ActaHorticuRuraeSinica E—mail：yuanyixuebao@126．com 毛竹EST资源 SSR标记分析与筛选 张智俊 ，管 雨 ，杨 丽 ，余 利 1，罗淑萍2， (亚热带森林培育国家重点实验室培育基地，浙江农林大学，浙江临安 311300； 新疆农业大学农学院，乌鲁木 齐 830052) 摘 要：对来源于NCBI公共数据库的非冗余3087条毛竹 (Phyllostachysedulis)EST序进行简单重 复序列SSR搜索发现：在401条毛竹EST序列中共查找到408个 SSR位点，平均6．8kbEST序列中含有 1个SSR。其中二核苷酸和三核苷酸重复是毛竹EST-SSR的主要重复类型，分别 占SSR总数的43．14％和 49．75％。SSR的不同重复基序中，最常见的重复基序是：(AG)，占37．01％，其余出现频率较高的依次为 (TC)、(AGC)、(GAG)和(CGC)。根据搜索结果设计了182条毛竹EST-SSR引物，以l2个不同种属的 竹子 DNA为模板，对引物进行了稳定性、通用性的验证与评价。结果表明有 42对引物有较清晰且稳定 的目标扩增产物，其中39对引物的产物存在多态性，说明设计开发的毛竹的EST-SSR标记是可行且有效 的。 关键词：毛竹；EST-SSR；分子标记 中图分类号：S68 文献标识码：A 文章编号：0513．353X (2011)05—0989—08 AnalysisofSSRsInformation and DevelopmentofSSR M arkersfrom MosoBamboo (P llostachysedulis)ESTs ZHANGZhi-jun，GUANYu，YANGLi，YULi，andLUOShu．ping， (TheNurturingStationfortheStateKeyLaboratoryofSubtropicalSilviculture，ZhejiangAgricultureandForestry University，Linan，Zhejiang311300，China ；CollegeofAgronomy，XinfiangAgriculturalUniversiyt，Urumuqi830052， C d) Abstract：Uni—ESTsofMOSObamboo ( vllostachysedul／s)rfom thedatabaseofdbESTwere screenedusingWebsatsoftwareand408SSRsin401ESTswereminedout，accountingforl3．02％ Ofthe totalESTs，correspondingtooneSSR inevery6．8kboftheESTs．Dinucleotideandtrinucleotiderepeats EST-SSRsweredominant，accountingofr43．14％and49．57％respectively．(AG)isthemostrfequent motifindinucleotiderepeats，accountingfor37．01％intotalEST-SSRs，followedby(TC)n，(AGC)n， (GAG)and(CGC)．182primerpairsweredesignedwhich42ofhtem showedamplifications，and39 primerpairscouldhaveproductswithDolymorphismsfrom 12differentbamboosamples．Theresults indicatedthatitiSanavailableapproachtodevelopEST．SSRmarkersbasedonESTsrfom MOSObamboo． Keywords：Mosobamboo；Phyllostachysedulis：EST-SSR 收稿 日期：2010—09—07；修回日期：2011—04—19 基金项目：国家 8‘