研究虚拟药物 显示实际价值.pdfVIP

维普资讯 一 ● 羁譬鼻蘩 ● 一 译 ／陈文倩 药物。 、 l 它在药物研发过程中已经确 质)，或者吸收物质。有时他们能被用 如果 目标分子的结构未知而配基 定了它受重视的地位，而且 来绘制化合物的形状，并且也许可以 的结构已知，则采用药效团扫描技术， 它还继续在不断发展。精密复杂的计 指示哪些化合物将来可能有问题。” 根据已知的配基试验并决定共同的特 算法仍只有使用高性能系统权限的专 尽管这些相对简单的建模工具有 征。然后相似性检索技术，还有定量活 家才能很好地掌握。但计算能力的进 广泛的适用性并且只需要很少的技巧 性结构关联技术 (QSAR)都派上用 步和软件的发展已经推出一些可以直 就可掌握，但“不幸的是，它们并非总 场。埃克斯说：“通常 (在这些情形中) 接为实验科学家所掌握的工具。 是能提供很多的预见性”，埃克斯说 你知道的是这些配基的活性，因此你 在强生制药研发公司(JJPRD)， 道：“如果你在网络浏览器中建立一个 可以设法去试一试，或许会找到使配 计算化学由一组同时关注分子建模技 工具，只允许不多的参数让他们选择 基的活性和那些已知分子的特征或描 术和化学信息学的人负责。据JJPRD 输入，然后他们按一下按钮，几乎总是 述相关联的地方。” 计算机辅助药物研发小组领导人弗兰 能得到一个结果，那么这个工具就会 那么当出现 目标和配基的结构都 克 ·埃克斯所说，他们将后者定义为数 被大家采用。”但如果需要特殊的知识 是未知的情况时，问题就来了，埃克斯 据档案管理和检索工具，相似性数据 或训练，那么这个工具被实验化学家 说道：“因此如果有人来找我们，而 目 库检索和简单的预言性建模。 “基本 们接受或使用的可能性就不大。这“就 标分子是一无所知的话，我们 目前确 上，化学信息学使实验化学家和生物 是为什么像我们这样的建模专家存在 实无法提供全部的信息。也许在将来， 学家在桌面的台式电脑上就能取得数 的原因”，他解释道。埃克斯确实见过 我们只需要知道很少的一点点信息。 据，这样他们就能作出决定：什么是有 接触过计算化学技术的新化学家毕业 这个领域确实是要求高投入的筛选和 用的，什么是无用的；也许还能决定下 后接受更复杂的工具，并在桌面电脑 联合数据库，这样才能设法确认潜在 一 步怎么做。然而，建模会为事件为什 上长期使用，但“在现在它发生的并不 的首要化合物。” 么会发生和我们怎样利用那些信息来 快”。 跃人另一个化学领域，设法提供一些 研究三维结构 较基础的见解；或许还因此可以确认 从哪儿开始? 与在强生制药研发公司相比较 ， 一 个新的化学序列或新的修饰，使得 据埃克斯说，采用哪一个建模工 新泽西~HBddgewaterCrossings的安万 药物的性能得到改善”。 具和技术由前面已有的数据来决定。 特 (Aventis)医药公司的分子建模小 但是，这两个方面是有所重叠的， “根据不同的情况，我们得采用不同的 组和化学信息学小组，两小组有点互 重叠的趋势还在增强。人“们采用建模 方法。因此，我们采用所有那些不同的 不关联，但是他们有共同的目标。据安 工具，然后使它们在桌面电脑上 (对实 方法”。在理想的情况下，目标分子的 万特医药公司分子建模和结构生物学 验科学家来说)可行，这两者之间有一 三维结构和配基的结构都是已知的。 的领头人IsabelleMorize博士介绍，分 类区域，为诸如药效团检索、形状比 这样，基于结构的设计、锚定和创新设 子建模和结构生物学是安万特公司化 对、相似性检索之类的事情”，埃克斯 计这三个工具就被用来使将来的道路 学小组的一部分，并且和公司的化学 说道。像silico扫描工具，它采用了简 更加精确。如果 目标分子的三维结构 信息学小