用于分子生物学检测的粪便DNA的提取方法优化.pdfVIP

《r毒i‰。i饿 露壁垒臻疆壤攀糕 ／ ．i no．org唧 豫麟袁麟 穰 m…Onli麓ne ab笋iotech Ⅲ202’3．1曼 syste毫mh惫ttp：／麓／www 技术改进 UpdatedTechnology 用于分子生物学检测的粪便DNA的提取方法优化 陈思媛1郭明璋1贺晓云“2梁志宏“2许文涛“2黄昆仑“24 1中国农业大学食品科学与营养工程学院，北京100083：2农、肛部转基冈生物食用安全榆验监督测试中心，北京100083 8通讯作者，huangkl009@sina．corn 摘要肠道微生物与人类健康有着密切的关系，对肠道微生物的研究是人类微生物组学工程的 重点。目前对肠道微生物的研究主要采用分子生物学方法，粪便中肠道微生物基因组DNA的提 取质量是应用分子生物学技术的前提和实验成功与否的关键。为了探究最适的肠道微生物基因 组DNA提取方案，本实验以大鼠(Rattusnorvegicus)粪便为材料，比较了5种目前较为常用的粪便基 因组DNA提取方法。从DNA浓度、完整性、纯度和多样性等方面进行了比较和评价，选出最佳 DNA提取方法，并对最佳粪便用量和差速离心次数进行了优化。结果显示，先用差速离心法获得 粪便中细菌，经化学法和酶法破碎细菌细胞后，用酚仿抽提法去除蛋白质获得核酸提取粪便基因 组DNA的效果最佳，对该方法的参数优化实验表明，若要进行宏基因组测序，采用0．2 g粪便，差速 离心1次；若采用16SrRNA—PCR方法检测肠道菌群的数量或者肠道菌群的多样性，用0．4 g粪便， 差速离心2次；用O．3 g粪便差速离心1次提取的DNA中PCR抑制物最少。本研究通过粪便中肠道 微生物DNA提取方法的优化，为后续肠道菌群分子检测工作提供了良好的基础资料。 关键词肠道微生物，粪便，DNA提取，分子生物学检测 ofDNAExtractionfromFaecesforMolecular Optimization Biology Detection CHENSi—YuanlGUO HEXiao—Yunl，2LIANG XUWen—Ta01’2 Ming-Zhan91 Zhi—Hon91’2 HUANGKun—Lunl’2+ 1 ofFoodScienceandNutritional The College Agricultural 100083，China；2 Engineering，ChinaUniversity,Beijing Supervision，In— Center Modified Food 100083．China spectionTestingofGeneticallyOrginisrnsSafety，MinistryofAgficulture。Beijing +Correspondingauthor,huangkl009@sina．coin Abstract the