3种大蒜中洋葱黄矮病毒的RTPCR分子鉴定.pdfVIP

基因组学与应用生物学，2011年，第3O卷，第3期，第330—335页 GenomicsandAppliedBiology，2011，Vo1．30，No．3，330—335 研究报告 ALetter 3种大蒜中洋葱黄矮病毒的RT．PCR分子鉴定 李金娟 李唯 栗孟飞 马雯 许蕊 甘肃农业大学生命科学技术学院，兰州，730070 通讯作者，liwei@gsau．edu．cn 摘 要 洋葱黄矮病毒(Onionyellowdwarfvirus，OYDV)是危害大蒜产量和品质的主要病毒之一。快速有效 的病毒检测方法可为大蒜病毒病的研究和有效防御提供理论与技术资料。本研究利用反转录一聚合酶链式反 应(RT．PCR1技术对甘肃 “成县迟蒜”和山东 “鲁蒜王2号”中OYDV外壳蛋白基因进行特异性扩增，并克隆到 载体PMD18一TEasyVector上进行核苷酸序列测定及分析。成功分离得到OYDV的两个DNA片段—— GSCCS和 SDLSW2，与GenBank中已报道的AB000837．1、AB000838．1和AJ409311．1等 22个 OYDVDNA 片段的核苷酸相似性分别为8l％～98％~D81％～84％，氨基酸相似性分别为85％～99％~H89％～94％，二者之间核 苷酸相似性为84％，氨基酸相似性为89％。系统进化树显示不同DNA片段可聚为3个组群，GSCCS与中国山 东金乡OYDVDNA片段 同属一组，SDLSW2与其它 16个 OYDVDNA片段 同属一组，表明OYDV在甘肃 “成县迟蒜’和 山东“鲁蒜王2号”中均存在，但具有一定差异。本实验确定了OYDV的基因变异程度，为进一步 研究病毒进化和变异提供了有利条件。 关键词 洋葱黄矮病毒(OYDV)，反转录 一聚合酶链式反应，病毒检测，序列分析 MolecularIdentificationofOnionYellow DwarfVirusfrom 3KindsofGar 1icbyUsingRT—PCR LiJinjuan LiWei LiMengfei MaWen XuRui CollegeofLifeScienceandTechnology，Gna suAgriculturalUniversity，Lanzhou，730070 Correspondingauthor，liwei@gsau．edu．cn DOI：10．3969／gab．030．000330 Abstract Onionyellowdwarfvirus(OYDV)iSoneofthemainviurswhichiSharmfuItotheyieldandquality ofgarlic．Therapidandeffectivemethodofviursdetectioncouldprovidetheoryandtechnologyfortheviursfun— damentalstudyanddiseaseprotection．ThecoatproteingeneofOYDV wasamplifiedfrom garlicnamed “Gan— suchengxianchisuan”and “ShandonglusuanwangNo．2”bvRT—PCR．andthepurifiedPCRproductswerecloned intoT．vectorofrsequencing．TheresultshowedthattwoOYDVDNAfragments(GSCCSandSDLSw21wereob— tained．Comparisonwiththeotherwt enty．twoDNA rfamg entsofAB000837．1．AB000838．1andAJ4093l1．1etc reportedinGenBankrespectivelyshowedthatthenucleotidesequenceidentitieswere81％-98％ and81％～84％． andtheaminoacidssequenceidentitieswere85％-99％and89％-94％．Thenucleotidesequenceidentitybetween GSCCSandSDLSW 2was84％．andtheami