RTPCR克隆籼稻叶绿素ab结合蛋白基因全长cDNA及序列的in silico分析.pdfVIP

基因组学与应用生物学，2012年，第31卷，第2期，第 173—177页 GenomicsandAppliedBiology，2012，Vo1．31，No．2，173—177 研究报告 ResearchReport RT—PCR克隆籼稻叶绿素a／b结合蛋白基因全长 cDNA及序列的inilic0 分析 袁定阳12,,4“余东 谭炎宁 ’2．3 孙志忠 韶也 0 孙学武 1,2,4 段美娟 12,,4 1湖南杂交水稻研究中心杂交水稻国家重点实验室，长沙，410125；2湖南省农业科学院，长沙，410125；3湖南农业大学农学院，长沙，410126 4中南大学研究生院隆平分院，长沙，410125 同等贡献作者 通讯作者，yuandingyang@hhrrc．ac．cn；duanmeijuan@163．corn 摘 要 根据 日本晴cab4基因序yJl(GenBank：AK104499．1)设计引物，用 RT．PCR的方法从籼稻 9311中 克隆了叶绿素 aog结合蛋白基因的全长 cDNA，命名为 cab一9311(cabgenefrom93111。 silic0分析表明： cba一9311与cba4基因同源性为99％，编码的蛋 白含有244个氨基酸，与cba4基因编码的蛋白同源性为 98％。蛋 白分子质量为26．9kD，理论等电点为6．52。第 54位 ～第216位氨基酸是一个典型的叶绿素aog结 合蛋白功能域(chlorophyllaogbindingdomain)。跨膜分析和蛋白质三级预测显示，该蛋 白在C端有一个典 型的跨膜区。亚细胞定位分析表明该蛋白定位于叶绿体，是一个叶绿体内囊体膜上的锚定蛋 白。 关键词 水稻，叶绿素aog结合蛋 白基因，克隆， sco分析 RT--PCR Cloning and in silico Analysisofa Full--length cDNA Gene Encoding the Light--harvesting Chlorophylla／b--binding Protein in Rice (OryzasativaL．subspindica) YuanDingyang ，， Yu Dong ， Tan Yanning ，’ Sun Zhizhong ， ShaoYe ， Sun Xuewu ，， DuanMeijuan 2·,4 1StateKeyLaboratoryofHybrid Rice，HunanHybridRi ceResearch Center，Changsha，410125；2Hunan Academy ofAgriculturalSciences， Changsha，410125；3HunanAgriculturalUniversity，Changsha，410125；4LongPingBranchofGraduateSchoolofCentralSouthUniversiyt， Changsha，410125 Theauthorswhocontributeequallytothiswork Correspondingauthors，yuandingyang@hhrre．ae．cn；duanmeijuan@163．com DOI：10．3969／gab．031．000173 Abstract WiththeprimerdesignedaccordingtotheNipponbarecba4genesequence(GenBank：AK104499．1)， afull—lengthcDNA geneencodingthelight—harvestingchlorophyllago—bindingproteininrice93l1wasclonedby RT．PCR，anditwasnamedcba一9311(cba genefrom 9311)．／nsilicoanalysisshowsthatthecba～9311cDNA sequencehas99％ homologytothecba 4cDNA sequence．Cba 一9311encodesaproteinof244aminoacidswhich has98％ homologytotheproteinencodedbycba4 gene．Themolecularweightofthatproteinisabout26．9kD and itsisoelectricpointis6．52．Theaminoacidresidues54-216ofthatprotein isachloroph