腺苷酸琥珀酸合成酶(AdSS)与其抑制剂的分子对接研究.pdfVIP

第八届全国新农药创制学术交流会论文集 腺苷酸琥珀酸合成酶(AdSS)与其抑制剂的分子对接研究 汪月鹏路慧哲王明安宰 00193) (中国农业大学应用化学系，北京1 接方法对Adss酶与4个天然抑制剂及其衍生物的相互作用形式进行了分子对接研究．对接结果证明了Adss 互作用能的贡献大干静电相互作用能． 关键词：腺苷琥珀酸合成酶(Adss)；抑制剂；分子对接 腺苷琥珀酸合成酶(AdSS)是嘌呤生物合成中的必需酶，作为除草剂研究的一个新作用靶标，通过 抑制植物体内AdSS酶的活性而抑制腺苷单磷酸(AMP)的生成，从而影响腺嘌呤的生物合成而导致植物 结构的抑制剂的生物合理设计、合成、活性测试等研究工作具有广阔的发展空间。 3|，从而抑制了植物体内嘌呤的生物合成，是一种很有 体植物内转化为对AdSS酶有抑制作用的植物毒素I 开发潜力的天然除草剂。 我们的研究工作是运用分子模拟的方法对Adss酶与抑制剂之间的相互作用形式进行了初步的探讨， 为新型AdSS酶抑制剂的设计和开发提供一定的理论指导。 0 II O HO—P—O l OH oHO Ll O HO—P—O f} HO—P—O I OH OH L3 图l AdSS抑制剂的结构 ·国家十一五科技支捧计划(No。2006BAEOIAOl·11)和863计划fNo．2006AAloA209)资助项目· 152 第八届全国新农药创制学术交流会论文集 1．研究方法 分子对接计算用的抑制剂的结构均经过量子化学计算，采用密度泛含理论进行优化处理确定抑制剂的 最优构型。 学优化对复合物的晶体结构进行最小化处理：依次选择CVFF、AMBER力场，通过赋氢原子坐标确定复 理论空间构象。依据静电匹配、空间匹配原则进行分子对接研究，得到AdSS酶与抑制剂相互作用的复合 物的平衡结构，进而利用力学优化，常温动力学模拟获得AdSS酶与抑制剂相互作用的复合物常温稳定构 象，进一步获得配体受体相互作用能以及作用位点信息。 2．结果与讨论 2．1抑制剂与AdSS的分子对接结果 表1不同抑制剂的分子对接能 BindingactiVi哆 VanderWaals Electrostatic Tbtal★ (kcal／m01) (kcal／moI) (kcaI／moI) L1-AdSS ．21．68 ．1．92 ．23．60 L2．AdSS ．62．78 ．8．31 ．71．09 L3．AdSS ．53．26 ．7．28 ．60．54 L4．AdSS ．43．19 ．6．03 ．