基于DNA池测序法筛选奶牛高信息量SNP标记的可行性.pdfVIP

遗 Hereditas(Beijing)2014年7月，36(7)：691--696 www．chinagene．cn 研究报告 基于DNA池测序法筛选奶牛高信息量SNP标记的可行性 初芹 ，李东2，侯诗宇。，石万海4，刘林4，王雅春 2 1．北京市农林科学院畜牧兽医研究所，北京 100097； 2．中国农业大学动物科技学院，畜禽育种国家工程实验室，北京 100193； 3．鞍山恒利奶牛场，辽宁 114200； 4．北京奶牛中心，北京 100192 摘要：首先选择 139个牛SNP标记，利用DNA池测序法，根据测序峰图中不同碱基信号峰高的比值确定了92 个SNP为高信息量标记(比值1／2)；为了进一步验证筛选的准确性，对其中59个标记采用基质辅助激光解析电 离飞行时问质谱(Matrix—assistedlaserdesorption／ionisationtime—of-flightmassspectrometry，MALDI—TOFMS)技 术检测了 122头荷斯坦牛的基因型。结果显示，检出率高于 85％的标记有 56个，其平均最小等位基因频率 (Minorallele~equency，MAF)为0．41，最小值为0．27，最大值为O．5；MAFO．3的标记有54个，占96．4％(54／56)。 文章结果表明，采用DNA池测序法筛选高信息量SNP标记是可行和可信的。 关键词： 奶牛；DNA池；SNP标记；基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术；最小等位基因频率 - ● 一 ● DirectsequencingofDNA poolinglorscreeninghighly informative SNPsindairycattle QinChu，DongLi，ShiyuHou，WanhaiShi4，LinLiu4，YachunWang 1．InstituteofAnimalHusbandryandVeterinaryMedicine，BeijingAcademyofAgricultureandForestrySciences，Bejiing100097，China； 2．KeyLaboratoryofAgriculturalAnimalandBreeding，NationalEngineeringLaboratoryfo，AnimalBreeding，CollegeofAnimalScience andTechnology，ChinaAgriculturalUniversity，Belting100193，China； 3．AnshanHengliDairy CattleFarm，Liaoning 114200，China； 4．BeijingDairyCattleCenter，Beijing100192，China Abstract：Inthisstudy,139bovinesinglenuclearpolymorphisms(SNPs)werefirstlyselectedandthendirectlyse- quencedusingDNA pooling．Basedonhteratiooftwosignalpeakvalues，92SNPswihthteratioover1／2wereconsidered aspotentialhighlyniformativemrakers．Tofurtherverifyhtereliabilityofscreeningsystem，59SNPmrakersweregeno- ytped in 122 Holstein cattle using matrix--assisted laser desorption／ionisation time--of-flightmass spectrometry 收稿 日期：2013—12—O4；修 回日期：2014—03—17 基金项 目：国家科技攻关计划项 目(编号 ：2011BAD28B02)，现代农业产业技术体系专项资金(编号：CARS一37)，长江学者与创新团队发展计划 项 目(编号：IRT1191)和国家 自然科学基金项 目(编号资助 作者简介：初芹，博士，副研究员，研究方向：动物遗传育种。E—mail：chuqinsd@163．~om 通讯作者