蛋白质结构多分辨率分析与应用.pdfVIP

陈传波等：蛋白质结构的多分辨率分析及其应用 蛋白质结构的多分辨率分析及其应用① 陈传波②李其申 (华中科技大学计算机学院 武汉430074) 蚓If3 摘要基于蛋白质骨架结构的Bssc生物信息学分析模型，利用多分辨率曲线小波分 解方法，实现了对蛋白质骨架结构的多分辨层次描述，从而提供了一种在不同分辨率层次 上对蛋白质结构进行分析和研究的新思路，为生物信息学中有关蛋白质的结构比较与分 类、蛋白质折叠模式及其分子进化等问题的研究开辟了一条新途径。 关键词生物信息学，蛋白质结构，多分辨分析，B样条曲线 低级到高级，逐渐发展进步(进化)这一普遍真理的。 0 引言 如果我们能够建立进一步简化的蛋白质结构分析模 型，待掌握其原始(简单)的根本性的特征和规律后， 随着基因组学和蛋白质组学的发展，生物信息 再逐步深入研究，逐步揭开蛋白质结构相关问题的 呈指数爆炸式增长，从而催生了一门新的由生物学、 层层面纱，不失为一种值得尝试的新的研究途径。 数学、计算机科学等多种学科高度交叉的学科—— 鉴于上述考虑，本文由蛋白质的准均匀B样条 Structure 生物信息学。我们知道，遗传信息载体DNA的最 结构曲线——Bssc(BSpIine Curve)模型， 终主要表达产物是蛋白质，而Annnsen的“蛋白质 运用文献[8]提出的闭区间内基于小波分解的多分 序列决定其空间结构”，结构又与功能密切相关等著 辨分析理论，实现了蛋白质结构的多分辨率表示，得 名论断，凸显了蛋白质结构相关研究的重要性，由此 到了不同简化层次的蛋白质主链结构曲线，为上述 产生了生物信息学的一个重要研究分支——蛋白质 设想的实现提供了～种方法。 结构生物信息学。 从生物信息学的观点对蛋白质结构进行分析研 1蛋白质BSSC模型 究，首先要对大量已知结构的蛋白质分子建立分析 模型。我们知道，蛋白质分子是由成千上万的原子 蛋白质分子是由氨基酸头尾以酰胺键相连而形 组成的，其结构又随其空间走向千变万化。如果建 成的多肽链构成的，其主链反映了蛋白质结构的总 立蛋白质分子的全原子模型，其自由度是难以想象 体空间走向。由此，我们可将其主链设想为在空间 的。为此，专家学者们基于选取具有代表性的原子 弯曲折叠的结构曲线，在笛卡尔坐标系下其参数 ——比如蛋白质主链原子等，建立了多种数学分析 (“)形式的数学表达式可写为： (1) 模型：距离矩阵[1·…、网格【3，“、骨架键角或虚拟键 P(Ⅱ)=lz(“)，y(“)，z(“)J 角[5，“、连接图[71等等。即便如此，在现阶段采用这 本文选取e为蛋白质分子主链的代表原子。 些模型对蛋白质的结构进行分析 这样对于一个由”+1个氨基酸构成的蛋白质分 仍显得非常庞杂，一时难以掌握它 子，就可以用n+1个三维坐标矢量A(置，M，z。)(i 们的结构特征、折叠规律和演变进 =O，1，…，n)来描述其空间结构了。其中pi对应