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Computational Chemistry molecular modeling 分子、材料的建模与模拟Molecular Modeling 南京大学化学化工学院 缪强 南京大学研究生核心课程中英文教学大纲Syllabus of Core Course for Graduate Students in Nanjing University 课程名称：计算化学(Computational Chemistry) 学 时：32 学时 Session: 32 学 分：2 Credit: 2 适用专业：化学化工、物理与材料、分子生物、化学生物与生物化学、药物化学与临床化学、环境化学、地球化学 教学目的：本课程介绍计算化学所需的一些基本理论和基本方法，学习在物理、化学、生物、环境和地质学科中遇到问题时选择合适的解决方法。 课程要求 对选课学生的要求：普通化学 教学方式：讲授 Ways of Instruction: Lecture 教材及参考文献： Textbooks and References: 任课教师：缪强 Instructor: Qiang Miao 考核方式: 课程论文 Course Evaluation: Term paper 大纲撰写人：缪强 Program Designer: Qiang Miao Major Contents Molecular simulation and modeling methods are undergoing rapid development. They are increasingly important tools for fundamental and applied research in academia and industry in such diverse fields as drug design and materials science. This lecture provides an introduction to the computational chemistry methods with example programs, and to illustrate how these techniques can be used to study physical, chemical and biological phenomena. Topics covered include computational chemistry resources, Unix/Linux operation system, molecular modeling in Cartesian, internal and crystal coordinate systems, force field, energy functions, basic theories of quantum chemistry, molecular mechanics, Monte Carlo simulation, and molecular dynamics, optimization of a molecular system geometry, properties calculation, molecular systems and materials design. 课程内容（一） 一、计算化学资源 二、Unix/Linux操作系统 三、分子体系与材料建模 1、直角坐标系：小分子和高对称体系建模，.xyz文件与WebLab Viewer 2、分子内坐标：基团定义、.zmt文件与Chem3D 3、晶体坐标：晶体材料、.csd文件与HyperChem 4、pdb与文件格式转换 5、分子内坐标的能量表达式 6、大分子与生物分子(DNA、RNA、蛋白质分子、多糖)的建模 课程内容（二） 四、分子、分子集合体与材料计算方法简介 1、分子力学方法 2、量子化学方法 3、Monte Carlo模拟 4、分子动力学和从头算分子动力学 五、分子结构优化、光谱和性质计算 1、分子构象与能量 2、水分子二聚体与氢键 3、频率计算与红外谱 4、电子光谱、态密度与光电子谱 5、NMR 6、周期体系 课程内容（三） 六、分子与材料设计简介 1、溶剂与溶质 2、溶液的局域结构 3、相图计算 4、生物分子与药物分子相互作用 5、化学吸附与催化剂 6、晶体中的杂质 7、陶瓷材料 8、分子器件(小分子器件与基于核酸与蛋白质的器件) 课程内容（四） 七、生物信息学 1、基因组学 2、蛋白组学 3、蛋白质折叠与高级结构预测 4、代谢组学 分子与团簇坐标系 直角坐标 分子内坐标 晶体坐标 直角坐标 We