生物信息学概论 陈新 生命科学学院 2001年10月.pdfVIP

生物信息学概论 陈新 生命科学学院 2001年10月 （一）、概述3 （二）、生物信息学发展3 1．生物信息学的诞生和发展3 2．生物信息学的国内外现状4 （三）、生物信息学的主要研究内容14 一、 基因组相关信息的收集、储存、管理与提供 14 二、 新基因的发现、鉴定 14 ****BLAST 简介14 三、 非编码区信息结构分析21 四、 生物进化的研究 21 五、 完整基因组的比较研究21 六、 基因组信息分析方法研究 22 七、 大规模基因功能表达谱的分析22 八、 蛋白质分子空间结构预测、模拟和分子设计22 1．蛋白质分子模型的建立与显示23 2．蛋白质结构预测23 3、蛋白质分子模拟软件25 九、 药物设计25 1、蛋白质改性和分子设计25 2、基于生物大分子结构的药物设计26 3、药物设计中理论方法28 （四）、展望29 2 （一）、概述 生物信息学是在数学、计算机科学和生命科学的基础上形成的一 门新型交叉学科，是指为理解各种数据的生物学意义，运用数学、计 算机科学与生物学手段进行生物信息的收集、加工、储存、传播、分 析与解析的科学。近年来随着快速序列测定、基因重组、基因芯片， 多维核磁共振等技术的应用，生物学实验数据呈爆炸趋势增长，同时 计算机和国际互联网络的发展使对大规模数据的贮存、处理和传输成 为可能。作为一门新的学科领域，它是将基因组 DNA 序列信息分析作 为源头，在获得了蛋白质编码区的信息之后进行蛋白质空间结构模拟 和预测，然后依据特定蛋白质的功能进行必要的药物设计。它由相互 依赖、相互渗透的两个研究领域组成，即构筑现代生物学所必需的信 息基础研究，以及旨在解析基本生物学问题的基于计算机技术的基础 生物学研究。因此，在基因组研究时代，基因组信息学、蛋白质的结 构模拟以及药物设计必将有机的结合在一起，它们是生物信息学的三 个重要组成部分。 生物信息学更多的具备研究领域的特征，而非一套完整的科学概 念和原理，因而具有独特的开放性和应用途径的多样性等特征。作为 建立于应用数学、计算机科学、生物学、物理学、化学等多学科加查 结合基础之上的生物信息学，无疑具有坚实的理论基础和广泛的应用 前景。 本文将对生物信息学的发展、主要研究领域、任务及方法进行简 要的介绍 （二）、生物信息学发展 1．生物信息学的诞生和发展 生物信息学 (Bioinformatics)就其萌生而言，是一门有“较长历 史”的学科，因为早在计算机初创期的 1956 年就已经在美国田纳西 州的 Gatlinburg 召开过首次 “生物学中的信息理论讨论会”。而就其 发展而言，却是一门相当年轻的学科， 因为继 20 余年的沉默之后， 只有伴随着八九十年代计算机技术的迅猛发展，它才得以巨大发展。 3 二十世纪，尤其是末期，生命科学技术的迅猛发展，无论从数量 上还是从质量上，都极大地丰富了生物科学的数据资源。数据资源的 急剧膨胀首先迫使我们不得不考虑寻求一种强有力的工具去组织他 们，以利于对已知生物学知识的储存和