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引物和探针设计 –
PCRPCR
目录
1
2
4
7
基本原理
DNADNA
3-DNA3-RNA
RNADNARNA
DNA
PCRRTDNA
PCR
PCR
PCRPCRRT-PCRPCR)
DNARNARNA
SNP)
1
引物设计的重要因素
3
Primer ()
引物长度和专一性
18-3015
PCR
平衡GC含量,避免GC-和AT-富集区域
GC40%60%- dC -dG -
- dA-dT--
退火温度
Tm “2+4”
14ATDNA
2°C GC4°C
Tm = 2 °C • (A + T) + 4 °C • (G + C)
GC13
-
(G + C 16.4)
Tm = 64.9 °C + 41 °C •
(A + T + G + C)
50 nM50 mM Na+ pH 7.0
“”Na+
C + G 820
+
Tm = 100.5 °C + 41 °C • • 16.6 • log10([Na ])
A + C + G + T A + C + G + T
“”HS
提示
55°C65°C
2
引物设计的重要因素
避免互补的引物序列
3
3
PCRPCR
PCR1
A 5’ ACGGATACCA TGCCTAT G 3’
5’ ACGGATACCA TGCCTA TG 3’
B 5’ ACTTGCATGTCTAGTCAC 3’
3’ CAGTGAGTTACATGACTG 5’
图 1 A B
3’-序列
PCR33G-C-
PCR-3G/C
3
针对特殊应用的其他提示
逆转录(RT-PCR)
RT-PCR mRNADNA
2
2A
DNAPCRmRNA
DNA mRNA
mRNA-DNA
2B
A PCR product Intron 1
Genomic DNA Exon 1 Intron
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