基于复杂网络模型的基因调控网络的计算模拟.pdfVIP

第 37卷 第 1期 计 算 机 科 学 Vo1．37No．1 2010年 1月 Computer Science Jan2010 基于复杂网络模型的基 因调控 网络的计算模拟 张律文 谢 江 陈建娇 张 武 (上海大学计算机工程与科学学院 上海 200072) (上海大学系统生物技术研究所 上海 200444)。 摘 要 随着大通量基因芯片数据的产生，基因调控机制的网络化研究需求 日趋迫切。提出了基于复杂网络理论的 基 因调控 网络的模拟方法，构建 了基 因调控 网络模拟器GN-Simulator。通过分析真实基 因调控 网络 的拓扑特性，提 出 了对应的矩阵模型，并充分考虑 了网络的生物学鲁棒性和动力学稳定性，给出了人工基因网络的生成过程和计算模拟 方法。计算实验表明，GN—Simulator能高效地模拟 出与真实基因调控网络 高度相似的大规模人工网络，并可为不同 算法提供无偏验证的多样化人工模拟数据。 关键词 复杂网络 ，无标度特性，动力学稳定性，模拟 ，基 因调控 网络 ArtificialGeneRegulatoryNetworksConstruction BasedonComplexNetwork ZHANGLwwen’ XIEJiang’ CHENJianjiao ZHANGwu (SchoolofComputerEngineeringandScience，ShanghaiUniversity，Shanghai200072，China) (InstituteofSystemsBiology，ShanghaiUniversity，Shanghai200444，China) Abstract Alongwiththeexplosionofhigh—throughputgenomicinformationproducedfrom suchasDNA microarrays， modelingthemechanism ofgeneregulationsandconstructinggeneregulatorynetworkbecomeanurgenttask．Wepro— posedanovelmethod，GN-Simulator，tOsimulategeneregulatorynetworksbasedoncomplexnetworktheory．Thereal genenetworksweremodeledexplicitlyinmatrixesbasedonthescale-freetopology．AccordingtOtherobustbiological mechanism ，weconstructedartificialgeneregulatorynetworksrelatedtopologytOthedynamicstability．W econsidered thefeaturesofrealgenenetwork structuresintotheartificialsystem．Thecomputing experimentsillustratethatGN- Simulatorcansimulatelarge-scalegenenetworksefficientlywithhighconfidenceleve1．Moreover，GN-Simulatorgenera- tesvarioussyntheticnetworksfortestifying differentalgorithmsperformanceandprovidesreasonableestimation on them． Keywords Complexnetwork，Scale-freetopology，Dynamicstability，Simulation，Generegulatorynetwork