功能型分子标记ISAP的开发及评价.pdfVIP

HEREDITAS (Beijing) 2008 9 , 30(9): 1207―1216 ISSN 0253-9772 研究报告 DOI: 10.3724/SP.J.1005.2008.01207 (ISAP) 1,2 1 1,2 1 1 1 2 陆才瑞 , 喻树迅 , 于霁雯 , 范术丽 , 宋美珍 , 王武 , 马淑娟 1. , 455004; 2. , 430070 : 分子标记在图谱构建, QTL 分析, 基因定位以及标记辅助育种中起着越来越重要的作用。研究者都期望 一个分子标记位点代表一个特定的基因, 甚至与某种性状联系起来, 这样, 通过对某个分子标记的筛选即能对 性状进行筛选, 此即功能型分子标记。而目前广泛使用的基于PCR 基础的分子标记如 RAPD 、SSR 、AFLP 等 或是扩增非编码区域, 或是随机在基因组中扩增, 得到的位点一般与目标性状基因距离较远,这使得分子标记 在应用上与其目标有一定的偏差。研究建立了一种基于基因中内含子序列的功能型分子标记, 试图使标记位点 与基因序列联系起来以达到其功能型的目的。它利用内含子剪接位置的保守一致序列作为其引物的核心序列, 其上下游引物均为 18 bp, 上下游引物间通过组合配对的方式作为扩增的引物对, 对真核生物的基因序列进行 扩增。为了验证ISAP 的功能性, 研究设计了 17 条引物(9 条上游引物, 8 条下游引物, 共计72 个引物组合)对棉 花F2 群体进行扩增并构建遗传连锁图谱, 其中 67 个显示了多态性, 共得到212 个位点。我们用此212 个位点 连同 164 个 SRAP 位点构建了一张包含 276 个位点的遗传连锁图谱, ISAP 标记在整个连锁群中分布比较均匀, 部分区域呈现标记高饱和现象, 可能为编码序列富集区。另外对20 个片段进行测序的结果表明, 85 ％的序列显 示了与已公布EST 序列的同源性, 说明扩增是跨越了外显子进行的, 得到的序列与表达序列紧密连锁。结果显 示, ISAP 标记是简单, 可靠, 具有较高多态性, 并且扩增基因区域的一种功能型分子标记。同时, 还使用ISAP 标记对其他植物进行了扩增, 取得了良好的效果。 : ISAP; 功能型分子标记; 开发 Development and appraisement of functional molecular marker: intron sequence amplified polymorphism (ISAP) 1,2 1 1,2 1 1 LU Cai-Rui , YU Shu-Xun , YU Ji-Wen , FAN Shu-Li , SONG Mei-Zhen , WANG Wu1, MA Shu-Juan2 1. China Cotton Research Institute, Key Laboratory of Cotton Genetic Improvement of Ministry of Agriculture of China, Anyang 455004, China; 2. National Key Laboratory of Crop Genetic Improvement, Huazhong Agricultural University, Wuhan 430070, China Abstract: Molecula