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SSR分子标记及其在植物遗传分析中的应用 谭月萍 ，。 黄建安 刘仲华 尹 钟 (1．湖南农业大学茶学教育部重点实验室，410128；2．湖南省茶业有限公司) 摘 要：本文从 SSR分子标记技术的特g~-*SSR多态性产生的机理、PcR扩增 SSR位点的引物来源、SSR的PCR扩增、 SSR扩增产物的检测，以及在植物遗传分析 中的应用等方面对SSR分子标记技术进行了综述，并探讨了该技术在茶树 中的 应用前景。 关键词：SSR；分子标记；遗传分析 真核生物的基因组中，重复序列 占有很大比重 (50％)。 按照重复序列在染色体上的分布方式，分为散布重复和串联 二、SSR多态性产生的机理 重复 (variablenumberoftandem repeats，VNTR)两种类型。 散布重复序列的拷贝数很多，在重复单位之间彼此常有序列 在微卫星DNA中，突变的速率与串联重复排列的大小 的变化 ，难以用做分子标记。串联重复序列根据重复单元数 成正比l5【l。1990年Weber对人类基 组中(CA)n的研究表 目的大小又分为卫星序列 (~tellites)、小卫星序列 (mini— 明，当n低于 12时，微卫星主要表现为单态行为 ；超过这个 satellites)和微卫星序列 (microsatellites)3种类型。其中，卫 闽值时，出现多态的可能性随微卫星的长度而增加 161。1992 星序列的重复单元大，一般分布在染色体的异染色质区，采 年 Richards和 Sutherland提出的SSR多态性机理假说主要 用分子标记系统来揭示其多态性有一定的困难 ；小卫星序列 包括滑动假说、不均等交换与重组假说Il。滑动假说认为，在 主要存在于染色体近端粒处 ，通常以15～75个核苷酸为核心 SSR位点上等位基因长度变异的产生和高变是因为在重复 序列，长度从几十到几千个碱基不等；微卫星序列一般较短， 序列复制过程中DNA聚合酶的滑动以及酶对被滑动链的错 属于以 1N6个核苷酸为基本单元的简单串联重复 。 误修复 91。不均等交换机理：在有丝分裂或减数分裂时姊 妹染色体之间或减数分裂时的同源染色体之间的不均等交 一 、 SSR分子标记技术的特征 换 。重组假说 ：支持这个假说的主要证据是在转染的哺乳 动物细胞 中，小卫星与微卫星表现为重组的热点I21J。其他的 微卫星 DNA序列 ，又称简单序列重复 (SSR)，主要以 推测集中在DNA聚合酶的校对功能上，而不是单独讨论错 1～6个核苷酸为基本单元 ，串联重复次数一般为 10～50次， 配修复系统固。SSR位点的突变是 由于DNA复制时两条链 如 (A)n、(TC)n、(TAT)n、(GATA)n、(GA)13、(AC)n、 的滑动和以后不能修复的错误配对，这种滑动理论被当今大 (GAA)n等。同一类微卫星DNA可分布在基因组的不同位 多数人所接受。 置上，长度一般在 200bp以下。由于重复次数不同，而造成 了每个位点的多态性l7_qj。一般认为微卫星 DNA 的多态性是 三、PCR扩增 SSR位点的引物来源 由于减数分裂时的错配和不平等交换造成的。 每个 SSR座位两侧一般是相对保守的单拷 贝序列，根 PCR扩增微卫星位点引物的来源主要有 3个途径 ： 据这个特点可设计一对特异引物来扩增不同重复次数 的 (1)从数据库或有关文 章 中查询 。从 DNA数据库 SSR序列。经聚丙烯酞胺凝胶 电泳后，比较扩增带的迁移距 GenBank、EMBL、DDBL或从已发表的有关文章中查找所要 离，就可知在不 同个体间某个SSR座位上的长度多态性 研究物种的微卫星 DNA两翼序列或引物，从时间和费用上 (SSLP)『。