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关于在分子生物化学与工程领域里若干理论问题的研究(VI) ——从内聚能密度看密码子简并现象的必然性 金日光 蔡晴 赵军 张腾 牟雪雁 （北京化工大学生命动力研究中心，教育部可控化学反应重点实验室，北京 100029 ） 引言 20 世纪60 年代中期，三联体遗传密码的成功破译是科学史上取得的最为辉煌的 [1] 研究成就之一 ，由此也掀起了人们对遗传密码起源以及生命进化研究的热潮，有关 的假说也不断涌现。其中，最受学术界重视的当首推Woese 的立体化学相互作用论 [2] [3] （steric interaction ） 和Crick 的偶然事件冻结论（frozen accident ） 。前者认为遗 传密码子起源于特定三聚体与氨基酸的直接配对，而后者则认为密码子与氨基酸对 应关系的出现纯粹是一种偶然现象，而后在进化过程中被固定下来。半个世纪以来， 虽然两条研究路线各有进展相持不下，但关于一组遗传密码子对应于某一氨基酸的 简并性的问题至今仍然没有得到满意的诠释。 密码子的简并性主要表现为不同的氨基酸拥有数目大不相同的同义密码子，其 简并度从6 个到 1 个都有。在3 个碱基组成的64 个密码子中，除了已知的UAA 、 UAG 和UGA 三个无意义密码子外（终止密码子），剩余的61 个密码子均可编码20 个氨基酸。以XY 代表第一、第二碱基，Z 表示第三碱基，当X 、Y 不变时，共有4 个密码子，这样共计分为16 个密码子组。在人的细胞核中，发现其中8 组分别由一 种氨基酸编码，例如GUN （缬氨酸）、CCN （脯氨酸）、CAN （苏氨酸）等，剩余的 8 组密码子则可按第三碱基的种类再分为两组，以嘧啶为第三碱基的密码子XYU 和 XYC 由一种氨基酸编码，而以嘌呤为第三碱基的密码子XYA 和XYG 则由另一种氨 基酸编码。也有一些例外，如甲硫氨酸和色氨酸都只有一个密码子，而亮氨酸、丝 氨酸和精氨酸却有 6 个密码子。但是在线粒体中，精氨酸的密码子数由 6 个减为 4 个，其余两个（AGA 和AGG ）表现为终止密码子，UGA 成为色氨酸的密码子而非 终止密码子，AUA 是甲硫氨酸密码子而非异亮氨酸密码子。 关于这些问题，虽然Shimizu M 等人[4-6] 曾用C4N 或其它模型定性地从立体化学 角度讨论过，Crick 和Ycas 等人[3，7-11]也先后提出碱基的体积和分子量大小、亲疏水 性等与所编码氨基酸的分子量、等电点及相对距离等有密切关系，但直到现在，形 1 成这种现象的根本原因仍然不清楚。所以在分子生物学界常常把这种难以解释的现 象说成是万能的生物酶的特殊功能所造成的，其实我们发现首先是由t-RNA 反密码 子和氨基酸之间的多点相容作用来决定的。 作者在前几篇论文中，已经通过计算碱基的内聚能密度，系统定量地研究了密 码子的中心碱基和被编码氨基酸的关系，密码子对氨基酸使用频率的偏倚性[12，13 ]， [14 ] 也提出了64 种密码子客观存在的必然性 ，这些为研究密码子简并现象的根本原因 提供了最好的途径。 2 理论基础和方法 2.1 氨基酸和反密码子中心碱基的一级匹配作用 当代分子生物化学已指出任何蛋白高分子链，是在核糖体中按着m －RNA 指令 由各种氨基酸共聚而合成的，但是这里所有氨基酸是由 t －RNA/氨基酸接合体运输 到核糖体中，然后提供给蛋白质的。因此t －RNA 和氨基酸之间关系变得极为重要。 [15] 作者通过研究发现 ，氨基酸与反密码子的中心碱基之间的匹配关系，可以从 它们的内聚能密度的对应性得到圆满的解释，但是这只是氨基酸和反密码子中心碱 基之间的一级作用，而这种作用并不能解释为什么一种氨基酸可由若干个密码子所 兼用的问题，因此还必须考虑到反义密码子的第一碱基X’和第三碱基Z’对不同氨基 酸的多点定向作用和相容作用。 2.2 氨基酸与反密码子第一碱基（X’ ）的二级匹配作用 根据正密码子和反密码子的关系，可用下列形式表示：