基于树核的蛋白质相互作用关系提取地研究.pdfVIP

第41卷增刊II 华中科技大学学报(自然科学版) V01．41Sup．II Science Univ．ofSci．＆Tech．(Natural 2013年12月 J．Huazhong 基于树核的蛋白质相互作用关系提取的研究 刘 念 马长林 张 勇 王 梦 (华中师范大学计算机学院，湖北武汉430079) 摘要 蛋白质相互作用关系对理解生物过程具有非常重要的意义，为了解决同位语依存关系带来的噪音干 扰，提出了一个改进的基于树核的PPI提取方法，通过定义一些相关的处理规则来有效优化两个蛋白质之间 的最短依存路径，在此基础上，用有效优化路径来指导成分句法树的裁剪，使得用于PPI提取的成分树更加 精确和简洁．实验结果表明：用有效优化路径指导的成分句法树在五个常用的语料库上都取得了较好的效果． 关键词 蛋白质；关系提取；提取方法；同位语依存关系；树核 中图分类号TP391文献标志码 A 文章编号 1671—4512(2013)S2—0232·05 on interactionextraction Researchtreekernel·-based protein-protein LiuNianMa ChanglinZhangYongWangMeng (CentralChinaNormal of University，SchoolComputer，Wuhan130079，China) Abstract an rolein Protein—proteininteraction(PPI)playsimportantunderstandingbiological ordertoresolvethenoiseinterference processes．In broughtbyappositivedependency，animproved PPI method relevant rulesweredefinedto treekernel—basedextractionwas proposed．Someprocessing theshortest two this ofthese between basis rules， effectivelyoptimize dependencypath proteins．On an wasusedtodirectthe ofconstituenttree，whichmadethe effectivelyoptimizedpath cutting parse tree results constituentforPPIextractionmore andconcise．The showthat parse precise experimental b