生物信息学 第十章.docVIP

10 利用核酸序列的预测方法 James W. Fickett SmithKline Beecham Pharmaceuticals King of Prussia. Pennsylvania 这一章讨论的是解释DNA序列的方法，这些方法主要依赖于功能模式的检测，而不是与其它单个序列的比较。这些方法中的绝大部分意在先寻找并遮蔽重复的和低复杂性的序列，再寻找基因以及与其相关的调控区域。在针对单个序列的集中调查分析，以及为可能的基因、整个基因组或相应较大区域建立初步清单的快速扫描过程中，这些方法都发挥了主要作用。由于算法开发迅速，没有一种工具能完成全部有关的序列分析功能。因此，有必要将序列提呈给多个不同的软件包加以分析，以利用最佳的计算机技术。为使这一过程效率更高，本章为当前常用的工具提供了简明的使用指导。一些有用的资料还能从Wentian Li编辑的在线书目（见本章末“书目…”中所列资源中的URL地址）和参考文献中的相关综述中找到：Gelfand（1995），Claverie（1996），Fickett和Guigó（1996），Snyder和Stormo（1996），以及Guigó（1997）。 这一章是这样安排的：首先，是对基本概念框架的描述，以将各不同工具安排在合适的位置上；然后，是对主要的计算工具的评述，对每种工具，既讨论了其内在逻辑思想，也给出程序应用的范例。当前的诸多