大鼠Pten和Runx3基因5端非编码区序列的生物信息学分析.pdfVIP

出壅医药兰Q!垒生筮丝鲞筮!兰翅 大鼠Pten和Runx3基因5 7端非编码区 序列的生物信息学分析 安静1，杨晋翔2，贺梅娟1，彭继升2，魏弱2，贾雪睛3 (1北京中医药大学，北京100029；2北京中医药大学第三附属医院；3中华中医药学会) 点。方法通过NCBI获得大鼠Pten和Runx3基因全长序列及转录本，采用Blast中的可读框比对外显子、内显子 island 及上游5’．UTR信息，所获得ATG上游2kb、下游1kb序列分别应用CpG searcher软件、CpGPlot工具、 Methprimet2．0工具预测CpG岛，NNPP工具、Promoter site预测启动子区域转录结合位点。结果大鼠Pten基因和Runx3基因属于CpG岛关联基因，启动子可能分别位 于一1253～～684 121 hp和…690 bp，Pten和Runx3基因在109和94种转录因子结合位点中，被12种软件共 同预测有结合位点的转录因子分别有6和9种。结论初步获得大鼠Pten和Runx3基因5’．UTR序列的生物学信 息，为进一步基因调控甲基化实验验证奠定了基础。 关键词：生物信息分析；Runx3；Pten；5’端非编码区；大鼠 doi：10．3969／j．issn．1002-266X．2014．12．004 中图分类号：Q786文献标志码：A 文章编号：1002-266X(2014)12-0010-04 Bioinformaticsof5’untranslated0f只unx3andPtenjnratS analysis region Yue，】lA AN】证窖，YANGJin-xiang。HEMei-juan，PENGJi—sheng，WEl Xue—qing Chinese (1BeijingUniversityof Medicine，Beijing100029，China) To the and factor sitesof5’nn· Abstract：ObjectiveanalyzepotentialGpGisland，promotertranscriptionalbinding ofRunx3andPteninrats．Methods total and ofRunx3 translatered region ByNCBI，thefull—lengthsequencestranscripts andPtenwere Blot．The ofthefirst intron obtained，and analyzedbyopenreadingflame(ORF)insequences eXOFl，the and5’untranslatedofRunx3andPtenwastakenfrom between2000 1 000 ATG and downstream region bpupstream bp and into island