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非树型网络模体发现算法.pdf

第ll期 电 子 学 报 v01.37No.1l sINICA NDv.2009 2009年11月 ACrAⅡ正cIRONICA 非树型网络模体发现算法 覃桂敏1一,高琳1,周晓锋1 (1.西安电子科技大学计算机学院,陕西西安7100r7l;2.西安电子科技大学软件学院,陕西西安710昕1) 摘要:现有的大多数网络模体发现算法发现网络中的确切模体,但是由于生物数据是不完整的,有噪声的,而 且生命过程具有动态性,概率网络模体具有更实际的意义.本文提出了非树型网络模体发现算法,寻找由一组相似子 图组成的概率网络模体.在该算法中,首先提出子图挖掘算法ESN挖掘网络中所有给定规模的非树型子图,然后进行 多图比对,最后基于统计模型和对应的得分函数,用模拟退火算法求得网络模体.对E.coli和Ye鹪t的基因调控网络的 仿真实验表明,该算法能够高效地发现生物网络中的概率模体. 关键词: 生物网络;概率网络模体;子图挖掘 中图分类号:7I玛9l 文献标识码: A 文章编号: 0372.2112(瑚9)11.242mcr7 NOn-TreeIjkeNeM/O水MotifDetectiOn AIgOrithm Q矾“.IIlinl,一,GAo‰1,zHoUⅪ鼢fe对 (1.S。h“矿国舭‰彻d%如蝴,‰‰蚵,魁’帆,鼽鲫证7100r71,醌讹; 2.两‰Ⅲ洲,№(触嘶,瓜’m,照Ⅻ戚710a7I,‰) exact啪墙.蚍biological Abs呦:M0st喇蚰g删删fdisc0、,eryal鲥ⅡⅡ璐detect and 110i辩,aIld tIle硫plDl黜isdyn枷c,pfobab蛳删础are fbcus岱∞∞twDfkm甜魄d朗iwd胁fa删酷0fSil面l盯bInI烈眦cessari— ljl(e难卿m出I础discovery m咖ally al删t}lm,础h lyide砸cal ofa sul净aplls a a涨si跫.Fina:uy,a 咖si跫.胁瑚lll吐p:Ie蝴al逗衄哈mispedbnnedons融of驯b差舢wi:Ih si】硼蜘缸m朗王iI培algoI r!i岫isused£D s£a删删)deIandits e谢删伽 d鲥ve鹏脚砒碱,bascd册a c0暖sp峨so嘶Ilgflll枷伽.Ex∞曲瑚tal E.∞HandY%stslⅪwsth砒our 0ll位msc蛳伽|alre割岫舵鲰嘲妇of a190№acmeV髓删pcffbrr雠. H耐words:bioI曜jcal联心Ⅳorks;皿d,a:bility眦拥,dkmctifs;铷蜒≯aphmiIling 述,这表示在同类型的网络中可能具有相同的模体. 1引言

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